Hacia 1620, prácticamente toda la eparquía era ya sólidamente católica, el orden estaba restaurado y el ejemplo de aquel puñado de hombres buenos había producido un renacimiento de la vida cristiana. Pero en ese mismo año, disidentes en la región que se había unido a Roma, establecieron obispos paralelos, contrarios a Roma. Así, un tal Melecio Smotritsky fue nombrado arzobispo de Polotsk, sede de San Josafat, y se dedicó enérgicamente a destruir la obra del arzobispo católico, diciendo que Josafat se había "convertido al latinismo", que iba a obligar a sus fieles a seguir su ejemplo y que el catolicismo no era la forma tradicional del cristianismo ruteno. La nobleza y la mayoría del pueblo estaban por la unión, pero habían zonas disidentes. Un monje llamado Silvestre Smotritsky recorrió las poblaciones de Vitebsk, Mogilev y Orcha sublevando a la gente contra el catolicismo. Cuando el rey de Polonia proclamó un decreto afirmando que Josafat era el único arzobispo legítimo de Polotsk, se produjeron desórdenes no sólo en Vitebsk, sino en la misma Vilna. El decreto fue leído públicamente en presencia del santo y éste estuvo a punto de perder la vida.