En 1893 fray Ezequiel fue nombrado obispo titular de Pinara y vicario apostólico de Casanare; recibió la ordenación episcopal en mayo de 1894. Habría preferido acabar sus días en medio de sufrimientos y privaciones—como manifiesta en una de sus cartas—, pero Dios lo había destinado a una misión más ardua y delicada. En 1895 fue nombrado obispo de Pasto. Cuando se le comunicó la noticia, le vino a la mente una pregunta angustiante: “ ¿Me habré hecho indigno de sufrir por Dios, mi Señor?”. En su nueva misión le esperaban situaciones mucho más difíciles y amargas: humillaciones, burlas, calumnias, persecuciones e incluso el abandono de parte de sus superiores inmediatos.