Como obispo, su principal preocupación había sido la formación del clero, y de acuerdo con este propósito, una Encíclica dirigida al Episcopado Italiano (Julio 28, 1906) hacía énfasis en la necesidad de tener mayor cuidado en la ordenación de sacerdotes, llamando la atención de los obispos sobre el hecho de que, entre los clérigos más jóvenes, se manifestaba cada vez con mayor frecuencia un espíritu de independencia que era una amenaza para la disciplina eclesiástica. En beneficio de los seminarios italianos, ordenó que fueran visitados regularmente por los obispos, y promulgó un nuevo programa de estudios que había estado en uso en el Seminario Romano. Por otra parte, como las diócesis del Centro y Sur de Italia eran tan pequeñas que sus seminarios respectivos no podían prosperar, Pío X estableció el seminario regional, que es común para las sedes de una región dada; en consecuencia, muchos seminarios, pequeños y deficientes, fueron cerrados.