Después del derrocamiento de la monarquía, al comienzo de la Revolución francesa, el blanco siguiente fue la Iglesia. En 1790, la Constitución civil del Clero dio al estado el control de la Iglesia en Francia. Los sacerdotes y religiosos debían prestar juramento de fidelidad a la Constitución bajo pena de exilio, de encarcelamiento y hasta de muerte. La mayor parte de los Hermanos se negaron y tuvieron que abandonar sus escuelas y comunidades, y esconderse, el Instituto ya no tenía estatuto legal.