Después, cuando murió la madre, se retiró al desierto en donde estuvo durante seis años, y los últimos dos los pasó en un retiro solitario dentro de una cueva con perjuicio de su salud. Fue llamado a la ciudad y ordenado diácono, luego pasó cinco años preparándose para el sacerdocio y para el ministerio de la predicación. Ordenado sacerdote por el obispo Fabián, se convirtió en celoso colaborador en el gobierno de la Iglesia antioquena. La especialización pastoral de Juan era la predicación, en la que sobresalía por las cualidades oratorias y la profunda cultura. Pastor y moralista, se preocupaba por transformar la vida de sus oyentes más que por exponer teóricamente el mensaje cristiano.