Juan era un predicador insuperable, pero no era diplomático y por eso no se cuidó contra las intrigas de la corte bizantina. Fue depuesto ilegalmente por un grupo de obispos dirigidos por Teófilo, obispo de Alejandría, y desterrado con la complicidad de la emperatriz Eudosia. Pero inmediatamente fue llamado por el emperador Arcadio, porque habían sucedido varias desgracias en palacio. Pero dos meses después era nuevamente desterrado, primero a la frontera de Armenia, y después más lejos a orillas del Mar Negro.