Les cerró las puertas a los honores y a los títulos mundanos, pero se le abrieron las de las dignidades eclesiásticas. En efecto, casi inmediatamente Carlos V lo propuso como cardenal, pero Francisco renunció y para que la renuncia fuera inapelable hizo los votos simples de los profesos de la Compañía de Jesús, uno de los cuales prohíbe precisamente la aceptación de cualquier dignidad eclesiástica. A pesar de esto, no pudo evitar las tareas cada vez más importantes que se le confiaban en la Compañía de Jesús, siendo elegido prepósito general en 1566, cargo que ocupó hasta la muerte, acaecida en Roma el 30 de septiembre de 1572.