Fue un pastor excepcional. Transmitió con fidelidad la doctrina heredada de los primeros apóstoles y defendió bravamente la fe contra herejías como el docetismo. En las siete epístolas que dirigió a las distintas Iglesias (algunas redactadas mientras viajaba para ser martirizado), no dejó de exhortar a los cristianos a dar la vida por Cristo, a ser fieles a las enseñanzas recibidas, a mantenerse firmes frente a los que pretendían socavarlas, así como a vivir la caridad y unidad entre todos. Cuando supieron que había sido hecho prisionero y viajaba para ser ajusticiado, como tantos mártires, iban saliéndole al encuentro (entre otros, san Policarpo); él los bendecía con paternal ternura, orando por ellos y por la Iglesia. Eusebio de Cesarea, al historiar ese momento, haciéndose eco del discurrir de Ignacio, puso de manifiesto el ardor apostólico del santo que no perdía ocasión para dar a conocer a Cristo. En las ciudades que atravesó se ocupó de fortalecer a los fieles recordándoles el mensaje evangélico, animándoles a vivir la santidad. Tras de sí dejaba la huella de la unidad entre las Iglesias, después de haber alertado contra las herejías que irrumpían con fuerza buscando la confusión y la ruptura con el magisterio eclesial que de ellas se deriva.