Habiendo escuchado e identificado con claridad el llamado del Señor, Karol emprende el camino de su preparación para el sacerdocio, ingresando al seminario clandestino de Cracovia, en 1942. Dadas las siempre difíciles circunstancias, el hecho de su ingreso al seminario -que se había establecido clandestinamente en la residencia del Arzobispo Metropolitano, futuro Cardenal Adam Stepan Sapieha- debía quedar en la más absoluta reserva, por lo que no dejó de trabajar como obrero en Solvay. Años de intensa formación transcurrieron en la clandestinidad hasta el 18 de enero de 1945, cuando los alemanes abandonaron la ciudad ante la llegada de la "armada roja".