Dos años después, en 1951, el nuevo Arzobispo de Cracovia, mons. Eugeniusz Baziak, quiso orientar la labor del padre Wojtyla más hacia la investigación y la docencia. No sin un gran sacrificio de su parte, el padre Karol hubo de reducir notablemente su trabajo pastoral para dedicarse a la enseñanza de Ética y Teología Moral en la Universidad Católica de Lublín. A él se le encomendó la cátedra de Ética. Su labor docente la ejerció posteriormente también en la Facultad de Teología de la Universidad Estatal de Cracovia.