Juan eligió la Orden del Carmen; tomó su hábito en 1563 y desde entonces se llamó Juan de Santo Matía; estudia Artes y Teología en la universidad de Salamanca como alumno del colegio que su Orden tiene en la ciudad. El esplendor del claustro es notorio: Mancio, Guevara, Gallo, Luis de León enseñan en ese momento.