En 1567 lo ordenaron sacerdote. Entonces tiene lugar el encuentro fortuito con la madre Teresa en las casas de Blas Medina. Ella ha venido a fundar su segundo "palomarcico", como le gustaba de llamar a sus conventos carmelitas reformados; trae también con ella facultades del General para fundar dos monasterios de frailes reformados y llegó a convencer a Juan para unirlo a la reforma que intentaba salvar el espíritu del Carmelo amenazado por los hombres y por los tiempos. Llegó a exclamar con gozo Teresa ante sus monjas que para empezar la reforma de los frailes ya contaba con "fraile y medio" haciendo con gracia referencia a la corta estatura de Juan; el otro fraile, o fraile entero, era el prior de los carmelitas de Medina, fray Antonio de Heredia.