Guillermo pasó entonces a la orden cisterciense, que se distinguía por su fama de santidad. Tomó el hábito en la abadía de Pontigny. Poco después fue elegido abad, primero de Fontaine-Jean, en la diócesis de Sens, y después, del monasterio de Chalis, mucho más importante, que había sido construido por Luis el Gordo, en 1136. San Guillermo se consideró siempre como el último de los monjes. La mansedumbre de su palabra daba testimonio del gozo y la paz de su alma. La virtud era atractiva en él, a pesar de sus crueles austeridades.