La orden se cumplió en parte: algunos misioneros permanecieron en el país de incógnito, y en 1593 algunos franciscanos españoles, dirigidos por Pedro Bautista, llegaron a Japón procedentes de Filipinas y fueron bien recibidos por Hideyoshi. Pero poco después vino la ruptura definitiva, incluso por motives políticos anti-españoles y anti-occidentales. El 9 de diciembre fueron arrestados seis franciscanos (Pedro Bautista, Martín de la Asunción, Francisco Blanco, Felipe Las Casas, Francisco de San Miguel y Gonzalo García), tres jesuitas (Pablo Miki, Juan Soan de Gotó y Santiago Kisai) y quince laicos terciarios franciscanos, a los que se les añadieron después otros dos, que eran catequistas.