Toribio nació en España hacia el año 1538 de una noble familia; estudió en Valladolid, Salamanca y Santiago de Compostela, en donde obtuvo la licencia en derecho. Fue nombrado inquisidor en Granada. Gracias a la relación que cultivaba con Felipe II fue nombrado por Gregorio XIII, arzobispo de Lima, con jurisdicción sobre las diócesis de Cuzco, Cartagena, Popayán, Asunción, Caracas, Bogotá, Santiago, Concepción, Córdoba, Trujillo y Arequipa: de norte a sur eran más de 5.000 kilómetros, y el territorio tenia más de 6 millones de kilómetros cuadrados. Después de haber sido consagrado obispo en agosto de 1580, partió inmediatamente para América, a donde llegó en la primavera de 1581.