ALCONCHEL DE LA ESTRELLA: .../...

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En octubre de 1537 se juntaron san Ignacio y todos sus compañeros en el monasterio abandonado de Vicenza, menos Javier y Rodrigues, que estaban hospitalizados.​ Entonces decidieron volver a repartirse. Ignacio, Fabro y Laínez fueron a Roma, Codure y Hoces a Padua, Jayo y Rodrigues a Ferrara, Javier y Bobadilla a Bolonia y Broët y Salmerón a Siena.​

Previamente, algunos habían difundido el rumor de que san Ignacio había sido perseguido en España y Francia y que habían quemado una imagen suya. El legado Verallo encargó investigar el asunto a su vicario, Gaspar de Dotti. San Ignacio fue absuelto con una sentencia del 17 de octubre de 1537 y fue llamado a Venecia para escucharla. La sentencia calificó como falsas las acusaciones y le calificó como un sacerdote con buena vida y buena doctrina.​

A finales de octubre o principios de noviembre de 1537 san Ignacio partió con Fabro y Laínez a Roma.​

En el viaje san Ignacio sintió una voz interior. Según Laínez la voz le dijo a san Ignacio "Yo os seré propicio en Roma". Los jesuitas Jerónimo Nadal y Ribadeneneira escribieron que la voz le dijo, simplemente, "Yo os seré propicio". Nadal, en otro escrito, dice que la voz dijo "Yo estaré con vosotros", que es la frase preferida por Pedro Canisio.​

Luego san Ignacio se detuvo con Fabro y Laínez en una iglesia, que según la tradición es una capilla de la localidad de La Storta. Entonces él mismo cuenta que tuvo una visión en la que Dios Padre le ponía con Jesucristo. Laínez dijo que Jesús se le había aparecido a san Ignacio con la cruz a cuestas junto a Dios Padre, que Dios Padre le había dicho a Jesús "Yo quiero que tomes a este como servidor tuyo" y que Jesús, posteriormente, le dijo a san Ignacio "Yo quiero que tú nos sirvas".​

En Roma se alojaron en unas casas de Quirino Garzoni, en la actual calle de Sebastianello. San Ignacio se dedicó a dar sus ejercicios espirituales mientras sus dos compañeros daban clases en la Universidad de Roma. Entre los ejercitantes de esta etapa estuvieron el médico Íñigo López, el embajador de Siena Lactancio Tolomei y el cardenal Gasparo Contarini.​

En la Cuaresma de 1538 san Ignacio le dio ejercicios espirituales al profesor de Sagrada Escritura Pedro Ortiz en la Abadía de Montecasino.​ Durante este periodo murió el compañero Diego de Hoces y san Ignacio tuvo una visión de él subiendo al Cielo.​

Cuando san Ignacio y Ortiz regresaban a Roma desde Montecasino se encontraron con el eldanense Francisco Estrada. Este hizo los ejercicios espirituales en Roma y pasó a ser otro compañero. En Roma, se les unió también el sacerdote jienense Lorenzo García.​

Durante la Cuaresma de 1538 el religioso Agustín Mainardi dio unos sermones en la Iglesia de San Agustín de Roma que fueron escuchados por Fabro y Laínez. Los dos compañeros visitaron a Mainardi en privado para pedirle que se retractase de algunas afirmaciones luteranas que había realizado en sus sermones, pero él se negó. Varios españoles favorables a Mainardi e influyentes en la curia romana (Francisco Mudarra, Barrera, Pedro de Castilla y Mateo Pascual) y el excompañero Miguel Landívar empezaron a difundir el bulo de que san Ignacio y sus compañeros eran realmente luteranos perseguidos en España, Francia y Venecia. El cardenal Juan Domingo de Cupis se creyó estos infundios y san Ignacio fue a verle a su palacio, convenciéndole de que eran mentira. Luego, san Ignacio fue a ver al gobernador Benito Conversini y le mostró una carta llena de elogios a su grupo de Landívar, de cuando era compañero. Tras esto, Landívar fue expulsado de Roma.​

En Roma, san Ignacio predicaba en castellano en la Iglesia de Santa María de Montserrat de los Españoles.​

Hacia junio de 1538 san Ignacio y sus compañeros se trasladaron a otra casa, cerca del Puente Sixto.​ En octubre se mudaron a una casa de Antonio Frangipani junto a la torre del Melángolo, en el actual número 16 de Vía dei Delfini. En esta casa se dedicaron a atender a los pobres.​

Francisco Mudarra, Barrera, Pedro de Castilla y Mateo Pascual continuaron denigrando a san Ignacio y a sus compañeros. San Ignacio actuó presentando una demanda judicial el 7 de julio de 1538 ante el legado del papa cardenal Vicente Carafa. Entonces Mudarra y los otros dieron marcha atrás y empezaron a elogiar a san Ignacio y a sus compañeros. San Ignacio no consideró esto suficiente y él y sus compañeros solicitaron cartas a las autoridades de las ciudades donde habían estado para que dieran testimonio de su buen comportamiento. Llegaron a Roma cartas laudatorias de Ferrara, Bolonia y Siena. San Ignacio fue recibido en audiencia por el papa en agosto en Frascati y le pidió que se iniciase un proceso para esclarecer su inocencia. El papa accedió y, tras el testimonio de numerosas personas, el gobernador Benito Conversini dio una sentencia favorable el 18 de noviembre de 1538.

Tras la larga e infructuosa espera para ir a Jerusalén, en noviembre de 1538 san Ignacio y sus compañeros hicieron el ofrecimiento de sus servicios al papa, de acuerdo con el voto hecho en Montmartre. Paulo III aceptó el ofrecimiento.​

Ignacio celebraría su primera misa en el altar del Pesebre de la Basílica de Santa María la Mayor la noche de Navidad del año 1538.

En marzo de 1539 san Ignacio y sus compañeros empezaron a deliberar sobre la creación de una nueva orden.​ El 15 de abril de 1539 decidieron unánimemente establecer el voto de obediencia a uno de ellos.​ Entre mayo y junio decidió que la Compañía de Jesús tendría, además de los votos habituales de otras órdenes de pobreza, castidad y obediencia, otro de obediencia al papa que les obligase a ir a cualquier lugar del mundo al que este les enviase.

El resultado de las deliberaciones fue recogido por san Ignacio en una "fórmula" de cinco capítulos que el cardenal Gasparo Contarini presentó al papa Paulo III para su aprobación. El papa le encargó al dominico Tomás Badía que examinase la "fórmula" y este la calificó de buena y santa.​

San Ignacio encargó al compañero Antonio de Araoz que llevase la "fórmula" y el dictamen de Tomás Badía al papa, que se encontraba en Tívoli. El papa leyó los documentos y los aprobó verbalmente el 3 de septiembre de 1539 diciendo: "Aquí está el espíritu de Dios".​

Posteriormente, el papa encargó al cardenal Jerónimo Ghinucci que redactase un documento de aprobación. Ghinucci puso muchos reparos a la "fórmula" y el papa decidió dejar el asunto en manos del cardenal Bartolomé Guidiccioni. Este último no puso reparos a la "fórmula" pero era reacio a la creación de nuevas órdenes. San Ignacio fue a hablar con él sin éxito y luego se dedicó a escribir a personajes influyentes de Italia para que intercediesen ante el papa en favor del proyecto. Finalmente, Guidiccioni propuso al papa que la Compañía de Jesús se limitase a 60 profesos y el papa aceptó la recomendación. Finalmente, se aprobó la creación de la Compañía de Jesús (en latín Societas Iesu, también conocida como los jesuitas) con la bula Regimini militantis Ecclesiae el 27 de septiembre de 1540. Esta incluía los cinco capítulos de la "fórmula" con algunas modificaciones.​

En febrero de 1541 san Ignacio y sus compañeros se trasladaron a otra casa, alquilada a Camilo Astalli.