Al año siguiente, el 27 de junio, es elegido papa. Su corto pontificado destaca por la convocatoria del Sexto Concilio Ecuménico, celebrado en Constantinopla entre el 680 y el 681, y que bajo la presidencia del emperador bizantino Constantino IV condenó el monotelismo y el monoenergismo, doctrinas que habían sido toleradas hasta entonces por la Iglesia, especialmente por el papa Honorio I lo que supuso que el concilio dictase la excomunión de este.