Primer patriarcado
El papa Vigilio estaba en Constantinopla cuando Eutiquio se convirtió en patriarca. Eutiquio le envió una misiva anunciando su propio nombramiento y una completa profesión de fe ortodoxa de la Iglesia, entonces unida. Al mismo tiempo, el papa le instó a convocar y presidir un concilio ecuménico querido por el emperador Justiniano para respaldar la condena de la controversia de los Tres Capítulos. Vigilio primero dio y luego retiró su consentimiento a este concilio. A pesar de la negativa del papa, el concilio se reunió el 5 de mayo de 553 en Constantinopla, y Eutiquio compartió la preeminencia de la asamblea con el patriarca griego de Alejandría Apolinario y con Domnino, llamado Domno III de Antioquía. En la segunda sesión, el papa se excusó nuevamente por problemas de salud. El 14 de mayo, el papa envió un documento condenando sesenta proposiciones de Teodoro de Mopsuestia, pero rehusando la condena global de los Tres Capítulos. El concilio lo pasó por alto, y fue Eutiquio quien redactó los decretos del sínodo, que más tarde sería reconocido como el Quinto Consejo General, que finalizaría el 2 de junio de 553, con una recopilación de los decretos contra los Tres Capítulos. Finalmente, fue en una carta dirigida al patriarca Eutiquio y fechada el 8 de diciembre de 553 donde el papa Vigilio cedió para poder regresar a Roma.
Eutiquio, hasta ese momento, había apoyado al emperador en todo momento y había redactado el decreto del concilio contra los Tres Capítulos. El 24 de diciembre de 562, reinauguró, en presencia de Justiniano, la catedral de Santa Sofía (cuya cúpula se había derrumbado el 7 de mayo de 558, después del terremoto de diciembre de 557). Sin embargo, Eutiquio entró en una fuerte polémica con Justiniano en 564, cuando el emperador adoptó el dogma del aftartodocetismo, una secta de anticalcedonios que creían que el cuerpo de Cristo en la tierra era incorruptible (aftarthorá) y no sufría ningún dolor.
En 565, Justiniano envió el texto del edicto a los patriarcas para que lo firmasen pero Eutiquio, en un largo discurso, argumentó la incompatibilidad de las creencias aftartodocetas con las Escrituras. El emperador insistió en que se suscribiera de todos modos, pero cuando Eutiquio se negó a hacerlo, Justiniano ordenó su arresto. El 22 de enero de 565, cuando Eutiquio estaba celebrando la fiesta de San Timoteo en la iglesia Pequeña Santa Sofía contigua al palacio Hormisdas, los soldados irrumpieron en la residencia patriarcal y le arrestaron con sus servidores.
El papa Vigilio estaba en Constantinopla cuando Eutiquio se convirtió en patriarca. Eutiquio le envió una misiva anunciando su propio nombramiento y una completa profesión de fe ortodoxa de la Iglesia, entonces unida. Al mismo tiempo, el papa le instó a convocar y presidir un concilio ecuménico querido por el emperador Justiniano para respaldar la condena de la controversia de los Tres Capítulos. Vigilio primero dio y luego retiró su consentimiento a este concilio. A pesar de la negativa del papa, el concilio se reunió el 5 de mayo de 553 en Constantinopla, y Eutiquio compartió la preeminencia de la asamblea con el patriarca griego de Alejandría Apolinario y con Domnino, llamado Domno III de Antioquía. En la segunda sesión, el papa se excusó nuevamente por problemas de salud. El 14 de mayo, el papa envió un documento condenando sesenta proposiciones de Teodoro de Mopsuestia, pero rehusando la condena global de los Tres Capítulos. El concilio lo pasó por alto, y fue Eutiquio quien redactó los decretos del sínodo, que más tarde sería reconocido como el Quinto Consejo General, que finalizaría el 2 de junio de 553, con una recopilación de los decretos contra los Tres Capítulos. Finalmente, fue en una carta dirigida al patriarca Eutiquio y fechada el 8 de diciembre de 553 donde el papa Vigilio cedió para poder regresar a Roma.
Eutiquio, hasta ese momento, había apoyado al emperador en todo momento y había redactado el decreto del concilio contra los Tres Capítulos. El 24 de diciembre de 562, reinauguró, en presencia de Justiniano, la catedral de Santa Sofía (cuya cúpula se había derrumbado el 7 de mayo de 558, después del terremoto de diciembre de 557). Sin embargo, Eutiquio entró en una fuerte polémica con Justiniano en 564, cuando el emperador adoptó el dogma del aftartodocetismo, una secta de anticalcedonios que creían que el cuerpo de Cristo en la tierra era incorruptible (aftarthorá) y no sufría ningún dolor.
En 565, Justiniano envió el texto del edicto a los patriarcas para que lo firmasen pero Eutiquio, en un largo discurso, argumentó la incompatibilidad de las creencias aftartodocetas con las Escrituras. El emperador insistió en que se suscribiera de todos modos, pero cuando Eutiquio se negó a hacerlo, Justiniano ordenó su arresto. El 22 de enero de 565, cuando Eutiquio estaba celebrando la fiesta de San Timoteo en la iglesia Pequeña Santa Sofía contigua al palacio Hormisdas, los soldados irrumpieron en la residencia patriarcal y le arrestaron con sus servidores.