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Superior general de los jesuitas
El 5 de abril de 1541 se votó al general de la Compañía. Unos votaron presencialmente y otros enviaron su voto. Todos votaron a san Ignacio y él escribió en su papeleta IHS, que se excluía a sí mismo y que obedecería lo que se decidiese. No quedó conforme con ser él general, diciendo que prefería obedecer a mandar, y pidió una nueva votación. Esta tuvo lugar el 13 de abril, con el mismo resultado. Esta vez san Ignacio dijo que lo consultaría con su confesor. Fue al Convento de San Pedro en Montorio y se confesó y habló con el franciscano Teodosio de Lodi, que le dijo que debía aceptar la elección porque lo contrario era desobedecer al Espíritu Santo. San Ignacio aceptó el cargo el 19 de abril y el 22 de abril hizo su profesión en la Basílica de San Pablo Extramuros, donde también ofició una misa.
El 24 de junio de 1541 Paulo III entregó a los jesuitas la Iglesia de Santa María Della Strada. Estos tomaron posesión del templo el 15 de mayo de 1542. Construyeron una casa junto a esta iglesia, a la que se trasladaron en septiembre de 1544. La advocación a Santa María della Strada es referida en español como Nuestra Señora del Buen Camino.
Para beneficiar a los judíos que se bautizaban, san Ignacio logró que el papa aprobase el breve Cupientes el 21 de mayo de 1542, por el que se prohibía la costumbre de quitarle a los conversos los bienes obtenidos previamente y el desheredar a sus hijos.
También consiguió que el papa aprobase la bula Illius qui pro dominici el 19 de febrero de 1543 para la creación de una casa para catecúmenos y otra para catecúmenas. Para estas obras contó con el apoyo de Margarita de Parma y Jerónima Orsini.
San Ignacio se preocupó por las prostitutas casadas o con hijos. Para ayudarlas creó la Compañía de Nuestra Señora de Gracia, en la que entraron 170 colaboradores. Esta organización fue aprobada por la bula Divina summaque Dei bonitas de 16 de febrero de 1543. Con estos medios, creó para ellas la Casa de Santa Marta. Pensando además en las adolescentes que corrían el riesgo de terminar en la prostitución, promovió también la Compañía de las Doncellas Infelices (el latín Virginum Miserabilium) y creó para ellas la Casa de Santa Catalina de Funari. Esta última institución fue aprobada verbalmente por Paulo III y por escrito por el papa Pío IV el 6 de enero de 1560.
En 1215 se había decretado por la Santa Sede que los médicos dejasen de asistir a los enfermos a los enfermos que se negasen a recibir los últimos sacramentos. San Ignacio advirtió que esta práctica estaba en desuso. En 1543 propuso que los médicos dejasen de prestar servicios al enfermo si se negaba tres veces a recibir los últimos sacramentos. Logró que el cardenal Rodolfo Pío de Carpi aplicase esta política en su diócesis de Faneza y que se aplicase también en Roma por 1544, pero no consiguió ningún decreto papal al respecto.
San Ignacio colaboró en Roma con la Cofradía de Santa María de la Visitación de Huérfanos, erigida con la bula papal Altitudo del 7 de febrero de 1541, que asistía a los niños huérfanos pobres.
San Ignacio insistió mucho a los cardenales Gian Pietro Carafa y Juan Álvarez de Toledo para que se instaurase la Inquisición en Roma. Estos hablaron con Paulo III, que la instituyó con la bula Liceb at initio el 21 de julio de 1542.
En 1541 san Ignacio se hizo hermano de la Cofradía del Hospital de Espíritu Santo. Ese mismo año san Ignacio y cinco compañeros se hicieron hermanos de la Cofradía del Santísimo Sacramento, que había sido constituida por el dominico Tomás Stella en 1538 en la Iglesia de Santa María sobre Minerva.
En 1543 Isabel Roser, ya viuda, llegó a Roma. San Ignacio la puso a cargo de la Casa de Santa Marta pero ella quería entrar en la Compañía de Jesús. Ignacio no le hizo caso a esta demanda pero ella recurrió al papa directamente y consiguió lo que buscaba. En la Navidad de 1545 hicieron la profesión Isabel Roser, su criada Francisca Cruyllas y la italiana Lucrecia de Biàdene. Dos sobrinos de Isabel llegaron a Roma y se indignaron por las aportaciones económicas de su tía a la Compañía. Entonces Isabel se puso a reclamar y terminó fuera de la orden. Finalmente, Isabel pidió perdón por su actitud, san Ignacio la encaminó a ser clarisa en Barcelona y continuaron la relación por carta.
Ya desde marzo de 1541 se planteó modificar la "fórmula" de la Compañía de Jesús. En 1544 el papa puso fin a la restricción de 60 profesos y en 1546 introdujo los grados de coadjutores espirituales y temporales. Con la bula Licet debitum del 18 de octubre de 1549 el papa le concedió a la Compañía de Jesús una gran cantidad de privilegios. Por otro lado, los jesuitas decidieron modificar la fórmula expresando con más claridad algunos puntos para evitar que suscitaran escrúpulos. Todas estas concesiones papales y cambios fueron recogidos en una nueva "fórmula", que fue aprobada por el papa Julio III con la bula Exposcit debitum del 21 de julio de 1550.
En marzo de 1541 san Ignacio y Codure redactaron un esquema a modo de constituciones con 49 puntos que fueron firmados por san Ignacio, Laínez, Salmerón, Codure, Broët y Jayo. Codure murió el 29 de agosto de 1541 y el resto de estos compañeros de san Ignacio fueron a diferentes lugares, por lo que no pudieron volver a reunirse. Entre 1541 y 1547 san Ignacio redactó él solo algunos puntos. En 1547 Polanco pasó a ser secretario de la Compañía de Jesús y el trabajo con las constituciones empezó a avanzar más. No obstante, el jesuita Nadal dijo que, según san Ignacio, en las constituciones lo único escrito por Polanco era lo referido a los colegios. En 1550 apareció un primer texto de las constituciones y en 1552 un segundo texto. Consta que san Ignacio estuvo corrigiendo las constituciones hasta 1556. Los jesuitas Laínez y Nadal consideraron que, por entonces, las constituciones podían considerarse terminadas. El lema en latín Ad maiorem Dei gloriam («A mayor gloria de Dios») aparece más de 170 veces en las constituciones.
Los ejercicios espirituales de san Ignacio fueron aprobados por el papa Paulo III con un breve del 21 de junio de 1548. El tipógrafo Antonio Blado editó en Roma los ejercicios espirituales el 11 de septiembre de 1548. La primera tirada, de 500 ejemplares, fue financiada por Francisco de Borja. A lo largo del siglo XVI, los ejercicios espirituales ignacianos se reeditaron en Roma y se imprimieron también en 1553 en Coimbra, en 1574 en Burgos, en 1587 en Sevilla y en 1599 en Valencia.
Entre finales de 1550 y comienzos de 1551 san Ignacio reunió a los jesuitas en Roma y renunció al cargo, pero la renuncia no fue aceptada por sus compañeros.
En febrero de 1551 san Ignacio creó en la Vía d'Aracoeli de Roma un colegio gratuito para de gramática, humanidades y doctrina cristiana para jesuitas y estudiantes externos. Para ello contó con el apoyo económico de Francisco de Borja. En julio este colegio se trasladó a un inmueble en la actual Vía del Gesú. Entre 1582 y 1584 el papa Gregorio XIII construyó una nueva sede del conocido como Collegio Romano, que pasó a ser posteriormente la Pontificia Universidad Gregoriana.
En el verano de 1554 la regente de España, Juana de Austria, comunicó a los jesuitas de Valladolid su intención de entrar en la Compañía de Jesús. San Ignacio lo permitió y el 1 de enero de 1555 Francisco de Borja informó que había conseguido que le conmutasen el voto de clarisa que había hecho. Juana agradeció la admisión, defendió a la Compañía de los ataques del arzobispo de Toledo Silíceo y del dominico Melchor Cano y aportó 3.000 ducados para el Colegio de San Antonio de Valladolid.
El 5 de abril de 1541 se votó al general de la Compañía. Unos votaron presencialmente y otros enviaron su voto. Todos votaron a san Ignacio y él escribió en su papeleta IHS, que se excluía a sí mismo y que obedecería lo que se decidiese. No quedó conforme con ser él general, diciendo que prefería obedecer a mandar, y pidió una nueva votación. Esta tuvo lugar el 13 de abril, con el mismo resultado. Esta vez san Ignacio dijo que lo consultaría con su confesor. Fue al Convento de San Pedro en Montorio y se confesó y habló con el franciscano Teodosio de Lodi, que le dijo que debía aceptar la elección porque lo contrario era desobedecer al Espíritu Santo. San Ignacio aceptó el cargo el 19 de abril y el 22 de abril hizo su profesión en la Basílica de San Pablo Extramuros, donde también ofició una misa.
El 24 de junio de 1541 Paulo III entregó a los jesuitas la Iglesia de Santa María Della Strada. Estos tomaron posesión del templo el 15 de mayo de 1542. Construyeron una casa junto a esta iglesia, a la que se trasladaron en septiembre de 1544. La advocación a Santa María della Strada es referida en español como Nuestra Señora del Buen Camino.
Para beneficiar a los judíos que se bautizaban, san Ignacio logró que el papa aprobase el breve Cupientes el 21 de mayo de 1542, por el que se prohibía la costumbre de quitarle a los conversos los bienes obtenidos previamente y el desheredar a sus hijos.
También consiguió que el papa aprobase la bula Illius qui pro dominici el 19 de febrero de 1543 para la creación de una casa para catecúmenos y otra para catecúmenas. Para estas obras contó con el apoyo de Margarita de Parma y Jerónima Orsini.
San Ignacio se preocupó por las prostitutas casadas o con hijos. Para ayudarlas creó la Compañía de Nuestra Señora de Gracia, en la que entraron 170 colaboradores. Esta organización fue aprobada por la bula Divina summaque Dei bonitas de 16 de febrero de 1543. Con estos medios, creó para ellas la Casa de Santa Marta. Pensando además en las adolescentes que corrían el riesgo de terminar en la prostitución, promovió también la Compañía de las Doncellas Infelices (el latín Virginum Miserabilium) y creó para ellas la Casa de Santa Catalina de Funari. Esta última institución fue aprobada verbalmente por Paulo III y por escrito por el papa Pío IV el 6 de enero de 1560.
En 1215 se había decretado por la Santa Sede que los médicos dejasen de asistir a los enfermos a los enfermos que se negasen a recibir los últimos sacramentos. San Ignacio advirtió que esta práctica estaba en desuso. En 1543 propuso que los médicos dejasen de prestar servicios al enfermo si se negaba tres veces a recibir los últimos sacramentos. Logró que el cardenal Rodolfo Pío de Carpi aplicase esta política en su diócesis de Faneza y que se aplicase también en Roma por 1544, pero no consiguió ningún decreto papal al respecto.
San Ignacio colaboró en Roma con la Cofradía de Santa María de la Visitación de Huérfanos, erigida con la bula papal Altitudo del 7 de febrero de 1541, que asistía a los niños huérfanos pobres.
San Ignacio insistió mucho a los cardenales Gian Pietro Carafa y Juan Álvarez de Toledo para que se instaurase la Inquisición en Roma. Estos hablaron con Paulo III, que la instituyó con la bula Liceb at initio el 21 de julio de 1542.
En 1541 san Ignacio se hizo hermano de la Cofradía del Hospital de Espíritu Santo. Ese mismo año san Ignacio y cinco compañeros se hicieron hermanos de la Cofradía del Santísimo Sacramento, que había sido constituida por el dominico Tomás Stella en 1538 en la Iglesia de Santa María sobre Minerva.
En 1543 Isabel Roser, ya viuda, llegó a Roma. San Ignacio la puso a cargo de la Casa de Santa Marta pero ella quería entrar en la Compañía de Jesús. Ignacio no le hizo caso a esta demanda pero ella recurrió al papa directamente y consiguió lo que buscaba. En la Navidad de 1545 hicieron la profesión Isabel Roser, su criada Francisca Cruyllas y la italiana Lucrecia de Biàdene. Dos sobrinos de Isabel llegaron a Roma y se indignaron por las aportaciones económicas de su tía a la Compañía. Entonces Isabel se puso a reclamar y terminó fuera de la orden. Finalmente, Isabel pidió perdón por su actitud, san Ignacio la encaminó a ser clarisa en Barcelona y continuaron la relación por carta.
Ya desde marzo de 1541 se planteó modificar la "fórmula" de la Compañía de Jesús. En 1544 el papa puso fin a la restricción de 60 profesos y en 1546 introdujo los grados de coadjutores espirituales y temporales. Con la bula Licet debitum del 18 de octubre de 1549 el papa le concedió a la Compañía de Jesús una gran cantidad de privilegios. Por otro lado, los jesuitas decidieron modificar la fórmula expresando con más claridad algunos puntos para evitar que suscitaran escrúpulos. Todas estas concesiones papales y cambios fueron recogidos en una nueva "fórmula", que fue aprobada por el papa Julio III con la bula Exposcit debitum del 21 de julio de 1550.
En marzo de 1541 san Ignacio y Codure redactaron un esquema a modo de constituciones con 49 puntos que fueron firmados por san Ignacio, Laínez, Salmerón, Codure, Broët y Jayo. Codure murió el 29 de agosto de 1541 y el resto de estos compañeros de san Ignacio fueron a diferentes lugares, por lo que no pudieron volver a reunirse. Entre 1541 y 1547 san Ignacio redactó él solo algunos puntos. En 1547 Polanco pasó a ser secretario de la Compañía de Jesús y el trabajo con las constituciones empezó a avanzar más. No obstante, el jesuita Nadal dijo que, según san Ignacio, en las constituciones lo único escrito por Polanco era lo referido a los colegios. En 1550 apareció un primer texto de las constituciones y en 1552 un segundo texto. Consta que san Ignacio estuvo corrigiendo las constituciones hasta 1556. Los jesuitas Laínez y Nadal consideraron que, por entonces, las constituciones podían considerarse terminadas. El lema en latín Ad maiorem Dei gloriam («A mayor gloria de Dios») aparece más de 170 veces en las constituciones.
Los ejercicios espirituales de san Ignacio fueron aprobados por el papa Paulo III con un breve del 21 de junio de 1548. El tipógrafo Antonio Blado editó en Roma los ejercicios espirituales el 11 de septiembre de 1548. La primera tirada, de 500 ejemplares, fue financiada por Francisco de Borja. A lo largo del siglo XVI, los ejercicios espirituales ignacianos se reeditaron en Roma y se imprimieron también en 1553 en Coimbra, en 1574 en Burgos, en 1587 en Sevilla y en 1599 en Valencia.
Entre finales de 1550 y comienzos de 1551 san Ignacio reunió a los jesuitas en Roma y renunció al cargo, pero la renuncia no fue aceptada por sus compañeros.
En febrero de 1551 san Ignacio creó en la Vía d'Aracoeli de Roma un colegio gratuito para de gramática, humanidades y doctrina cristiana para jesuitas y estudiantes externos. Para ello contó con el apoyo económico de Francisco de Borja. En julio este colegio se trasladó a un inmueble en la actual Vía del Gesú. Entre 1582 y 1584 el papa Gregorio XIII construyó una nueva sede del conocido como Collegio Romano, que pasó a ser posteriormente la Pontificia Universidad Gregoriana.
En el verano de 1554 la regente de España, Juana de Austria, comunicó a los jesuitas de Valladolid su intención de entrar en la Compañía de Jesús. San Ignacio lo permitió y el 1 de enero de 1555 Francisco de Borja informó que había conseguido que le conmutasen el voto de clarisa que había hecho. Juana agradeció la admisión, defendió a la Compañía de los ataques del arzobispo de Toledo Silíceo y del dominico Melchor Cano y aportó 3.000 ducados para el Colegio de San Antonio de Valladolid.