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En abril de 1587 se celebró un nuevo capítulo en Valladolid. Juan de la Cruz dejó los cargos de definidor y vicario provincial, pero continuó en el cargo de prior del Convento de los Santos Mártires de Granada.
El 10 de julio de 1587 el papa firmó un breve por el que reconocía a los carmelitas descalzos como congregación autónoma. y se aprobaba una nueva constitución. El nuevo sistema fue ideado por Nicolás de Jesús María. Según este la congregación estaría bajo la autoridad nominal del general de la orden y sería gobernada por un vicario general que se elegiría cada seis años. Para asistir a este vicario general se crearía un organismo, la Consulta, compuesto por seis consiliarios elegidos por votación que estarían en sesión permanente. La autoridad que tenían los priores en los capítulos sería detentada por la Consulta y los vicarios provinciales (llamados en adelante simplemente provinciales) solo tendrían funciones ejecutivas. También se consiguió, con autorización papal, que el vicario general tuviera autoridad para expulsar a cualquier fraile contumaz.
En junio de 1588 tuvo lugar un capítulo de la congregación en Madrid. Nicolás de Jesús María fue elegido vicario general por 32 votos de un total de 50. Juan de la Cruz fue elegido definidor y consiliario de la Consulta. Como la Consulta tenía su sede en Segovia, Juan fue escogido también prior del convento de carmelitas descalzos de esta ciudad.
En Segovia, también fue confesor de las monjas del convento de carmelitas descalzas y de varias personas piadosas.
Las monjas y los frailes protestaron contra la nueva organización impuesta por Nicolás de Jesús María. Jerónimo de la Madre de Dios, que quería proteger la reforma de Teresa, escribió al rey para informarle del malestar. Nicolás se enteró y utilizó su influencia en el consejo real para que el monarca expresase su apoyo a la nueva constitución. Además, las monjas temían perder los derechos propuestos por Teresa, recogidos en una constitución aparte y aprobados en el capítulo de Alcalá de 1581, como el de elegir a sus confesores, votar a su priora o poder negarse a ser transferidas de un convento a otro.
Ana de Jesús, que entonces era priora en Madrid, consultó a fray Luis de León y al dominico fray Domingo Báñez, y, tras obtener el permiso verbal de Nicolás, pidió al papa Sixto V que confirmarse la constitución de las monjas y que nombrase a Juan de la Cruz su superior en vez de a la Consulta. El papa, con un breve, confirmó la constitución de las monjas y creó un cargo de comisario general para las monjas, que estaba solamente por debajo del vicario general y que era elegido una vez cada tres años por el capítulo.
Cuando fray Luis de León le pidió a Nicolás que convocase un capítulo general para adoptar las disposiciones del breve con respecto a las monjas este se negó y dijo que prescindiría de ellas. Domingo Báñez le dijo a Nicolás que su intención de prescindir de las monjas era una infamia nunca vista en la historia de la Iglesia católica.
En la primavera de 1591 Nicolás solicitó al papa Gregorio XIV un breve que anulase el del papa anterior y que sometiese a las monjas a la Consulta. Lo que hizo el papa fue someter a las monjas a los provinciales, pero como estos habían perdido todo su poder en pro de la Consulta, Nicolás se salió con la suya.
Juan de la Cruz se posicionó al lado de Jerónimo de la Madre de Dios y escribió a su favor a Nicolás y a la Consulta. También quería que se respetase la constitución de las monjas y no aprobaba que fuesen gobernadas por la Consulta. Escribió una carta muy dura a Nicolás que su secretario, Juan Evangelista, quiso suavizar pero él se negó a que cambiase una sola palabra.
En abril de 1587 se celebró un nuevo capítulo en Valladolid. Juan de la Cruz dejó los cargos de definidor y vicario provincial, pero continuó en el cargo de prior del Convento de los Santos Mártires de Granada.
El 10 de julio de 1587 el papa firmó un breve por el que reconocía a los carmelitas descalzos como congregación autónoma. y se aprobaba una nueva constitución. El nuevo sistema fue ideado por Nicolás de Jesús María. Según este la congregación estaría bajo la autoridad nominal del general de la orden y sería gobernada por un vicario general que se elegiría cada seis años. Para asistir a este vicario general se crearía un organismo, la Consulta, compuesto por seis consiliarios elegidos por votación que estarían en sesión permanente. La autoridad que tenían los priores en los capítulos sería detentada por la Consulta y los vicarios provinciales (llamados en adelante simplemente provinciales) solo tendrían funciones ejecutivas. También se consiguió, con autorización papal, que el vicario general tuviera autoridad para expulsar a cualquier fraile contumaz.
En junio de 1588 tuvo lugar un capítulo de la congregación en Madrid. Nicolás de Jesús María fue elegido vicario general por 32 votos de un total de 50. Juan de la Cruz fue elegido definidor y consiliario de la Consulta. Como la Consulta tenía su sede en Segovia, Juan fue escogido también prior del convento de carmelitas descalzos de esta ciudad.
En Segovia, también fue confesor de las monjas del convento de carmelitas descalzas y de varias personas piadosas.
Las monjas y los frailes protestaron contra la nueva organización impuesta por Nicolás de Jesús María. Jerónimo de la Madre de Dios, que quería proteger la reforma de Teresa, escribió al rey para informarle del malestar. Nicolás se enteró y utilizó su influencia en el consejo real para que el monarca expresase su apoyo a la nueva constitución. Además, las monjas temían perder los derechos propuestos por Teresa, recogidos en una constitución aparte y aprobados en el capítulo de Alcalá de 1581, como el de elegir a sus confesores, votar a su priora o poder negarse a ser transferidas de un convento a otro.
Ana de Jesús, que entonces era priora en Madrid, consultó a fray Luis de León y al dominico fray Domingo Báñez, y, tras obtener el permiso verbal de Nicolás, pidió al papa Sixto V que confirmarse la constitución de las monjas y que nombrase a Juan de la Cruz su superior en vez de a la Consulta. El papa, con un breve, confirmó la constitución de las monjas y creó un cargo de comisario general para las monjas, que estaba solamente por debajo del vicario general y que era elegido una vez cada tres años por el capítulo.
Cuando fray Luis de León le pidió a Nicolás que convocase un capítulo general para adoptar las disposiciones del breve con respecto a las monjas este se negó y dijo que prescindiría de ellas. Domingo Báñez le dijo a Nicolás que su intención de prescindir de las monjas era una infamia nunca vista en la historia de la Iglesia católica.
En la primavera de 1591 Nicolás solicitó al papa Gregorio XIV un breve que anulase el del papa anterior y que sometiese a las monjas a la Consulta. Lo que hizo el papa fue someter a las monjas a los provinciales, pero como estos habían perdido todo su poder en pro de la Consulta, Nicolás se salió con la suya.
Juan de la Cruz se posicionó al lado de Jerónimo de la Madre de Dios y escribió a su favor a Nicolás y a la Consulta. También quería que se respetase la constitución de las monjas y no aprobaba que fuesen gobernadas por la Consulta. Escribió una carta muy dura a Nicolás que su secretario, Juan Evangelista, quiso suavizar pero él se negó a que cambiase una sola palabra.