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Caída en desgracia
En junio de 1591 tocó celebrar un capítulo, que tuvo lugar en Madrid. A Juan se le quitaron los cargos de prior, primer definidor y miembro de la Consulta. En el capítulo se discutieron medidas a tomar contra Jerónimo de la Madre de Dios y, como el breve de Gregorio XIV todavía no había sido publicado en España, Nicolás propuso separar orgánicamente a las monjas de los frailes y que estas pasaran a ser directamente dependientes del papa. 132 Juan de la Cruz empezó su intervención diciendo:
Si en los capítulos, asambleas y reuniones las personas ya no tienen el valor de decir lo que las leyes de la justicia y de la caridad les obligan a decir, por causa de la debilidad, la pusilanimidad o el temor de molestar a su superior y por ello de no tener beneficio alguno, entonces la orden está prohibida y arruinada.
Luego, Juan de la Cruz propuso que la votación fuese secreta. Sin embargo, nadie le apoyó. En el debate se habló duramente contra Jerónimo de la Madre de Dios y con el tema de las monjas y, aunque algunos frailes en privado estaban de acuerdo con Juan, ninguno se atrevió a oponerse al vicario general Nicolás.
Juan de la Cruz también criticó que, desde que Nicolás había asumido el cargo, se habían aprobado demasiadas normas nuevas, unas trescientas.
Como existía la posibilidad de que Juan de la Cruz fuese nombrado superior de las monjas, Nicolás propuso mandarle a México, donde había un convento recién fundado que necesitaba más frailes. Juan dijo que estaba dispuesto a ir.
Pocos días más tarde llegó a España el breve de Gregorio XIV y, como no mencionaba a Juan de la Cruz expresamente como superior de las monjas y como Nicolás pensó que no era oportuno desprestigiarle tan rápidamente, le ofreció el cargo de prior en Segovia. Juan se negó para evitar verse envuelto de nuevo en controversias. Entonces se le mandó reclutar a doce frailes en Andalucía para ir con ellos a México y ejercer allí de visitante.
Mientras permanecía en el convento de carmelitas descalzos de Madrid tuvo que soportar los insultos y amonestaciones en público de fray Diego Evangelista, que había ocupado su lugar en la consulta. El prior del convento, Ambrosio Mariano de San Benito, partidario de fray Nicolás, le pidió a los frailes que acompañasen a Juan de la Cruz todas partes y le informasen de lo que hiciera o dijese.
En Madrid, Juan de la Cruz se despidió de Ana de Peñalosa, de la familia de Jerónimo de la Madre de Dios (que acababa de ser encarcelado) y Ana de Jesús y sus monjas. Salió de Madrid y pasó por Segovia antes de ir a Andalucía.
Posteriormente, llegó al Monasterio de La Peñuela. El prior de este monasterio era fray Diego de la Concepción, que había sido novicio suyo en el Convento de los Santos Mártires de Granada y sentía por él gran respeto. El prior le hizo director espiritual de la comunidad. Una vez a la semana marchaba a Linares para confesar y predicar en la iglesia. En este lugar parece ser que se ocupó de una segunda versión en prosa de Llama de amor viva.
Nicolás de Jesús María envió a Andalucía a fray Diego Evangelista a visitar conventos andaluces y recoger información sobre una posible conducta escandalosa de Juan de la Cruz. Diego Evangelista interrogaba a frailes y monjas, escribía una tergiversación de lo que decían y les hacía firmarla sin poderla leer.
Una monja de Granada, Agustina de San José, conservaba cartas y otros escritos de Juan de la Cruz, pero al enterarse de que estaba sufriendo persecución los quemó para que no cayesen en manos de sus enemigos.
El historiador Juan Antonio Llorente afirma que Juan de la Cruz, Jerónimo de la Madre de Dios y otros frailes fueron denunciados ante la Inquisición por practicar la oración interior, acusándoseles de herejes iluministas. El historiador Marcelino Menéndez Pelayo afirmó que Juan había sido acusado ante la Inquisición cuatro veces.
En junio de 1591 tocó celebrar un capítulo, que tuvo lugar en Madrid. A Juan se le quitaron los cargos de prior, primer definidor y miembro de la Consulta. En el capítulo se discutieron medidas a tomar contra Jerónimo de la Madre de Dios y, como el breve de Gregorio XIV todavía no había sido publicado en España, Nicolás propuso separar orgánicamente a las monjas de los frailes y que estas pasaran a ser directamente dependientes del papa. 132 Juan de la Cruz empezó su intervención diciendo:
Si en los capítulos, asambleas y reuniones las personas ya no tienen el valor de decir lo que las leyes de la justicia y de la caridad les obligan a decir, por causa de la debilidad, la pusilanimidad o el temor de molestar a su superior y por ello de no tener beneficio alguno, entonces la orden está prohibida y arruinada.
Luego, Juan de la Cruz propuso que la votación fuese secreta. Sin embargo, nadie le apoyó. En el debate se habló duramente contra Jerónimo de la Madre de Dios y con el tema de las monjas y, aunque algunos frailes en privado estaban de acuerdo con Juan, ninguno se atrevió a oponerse al vicario general Nicolás.
Juan de la Cruz también criticó que, desde que Nicolás había asumido el cargo, se habían aprobado demasiadas normas nuevas, unas trescientas.
Como existía la posibilidad de que Juan de la Cruz fuese nombrado superior de las monjas, Nicolás propuso mandarle a México, donde había un convento recién fundado que necesitaba más frailes. Juan dijo que estaba dispuesto a ir.
Pocos días más tarde llegó a España el breve de Gregorio XIV y, como no mencionaba a Juan de la Cruz expresamente como superior de las monjas y como Nicolás pensó que no era oportuno desprestigiarle tan rápidamente, le ofreció el cargo de prior en Segovia. Juan se negó para evitar verse envuelto de nuevo en controversias. Entonces se le mandó reclutar a doce frailes en Andalucía para ir con ellos a México y ejercer allí de visitante.
Mientras permanecía en el convento de carmelitas descalzos de Madrid tuvo que soportar los insultos y amonestaciones en público de fray Diego Evangelista, que había ocupado su lugar en la consulta. El prior del convento, Ambrosio Mariano de San Benito, partidario de fray Nicolás, le pidió a los frailes que acompañasen a Juan de la Cruz todas partes y le informasen de lo que hiciera o dijese.
En Madrid, Juan de la Cruz se despidió de Ana de Peñalosa, de la familia de Jerónimo de la Madre de Dios (que acababa de ser encarcelado) y Ana de Jesús y sus monjas. Salió de Madrid y pasó por Segovia antes de ir a Andalucía.
Posteriormente, llegó al Monasterio de La Peñuela. El prior de este monasterio era fray Diego de la Concepción, que había sido novicio suyo en el Convento de los Santos Mártires de Granada y sentía por él gran respeto. El prior le hizo director espiritual de la comunidad. Una vez a la semana marchaba a Linares para confesar y predicar en la iglesia. En este lugar parece ser que se ocupó de una segunda versión en prosa de Llama de amor viva.
Nicolás de Jesús María envió a Andalucía a fray Diego Evangelista a visitar conventos andaluces y recoger información sobre una posible conducta escandalosa de Juan de la Cruz. Diego Evangelista interrogaba a frailes y monjas, escribía una tergiversación de lo que decían y les hacía firmarla sin poderla leer.
Una monja de Granada, Agustina de San José, conservaba cartas y otros escritos de Juan de la Cruz, pero al enterarse de que estaba sufriendo persecución los quemó para que no cayesen en manos de sus enemigos.
El historiador Juan Antonio Llorente afirma que Juan de la Cruz, Jerónimo de la Madre de Dios y otros frailes fueron denunciados ante la Inquisición por practicar la oración interior, acusándoseles de herejes iluministas. El historiador Marcelino Menéndez Pelayo afirmó que Juan había sido acusado ante la Inquisición cuatro veces.