El interior del templo está formado por tres naves, la central más amplia y de mayor altura que las laterales, ábside poligonal de nueve lados, trece capillas laterales y sacristía, así como un artístico coro emplazado casi en el centro de la nave central.

Las naves se ordenan en cuatro tramos mediante gruesos pilares cilíndricos, sobre los que apoyan tanto los arcos apuntados como las bóvedas que las cubren, que son cuatripartitas en las naves y de nervaduras estrelladas en el crucero y la capilla mayor.

Al entrar a la Colegiata por su actual acceso, la puerta de Los Perdones o de poniente, nos encontramos de frente con el trascoro, el cual nos impide tener una visión conjunta de su amplio espacio interior.

Estas robustas columnas exentas utilizan motivos decorativos para significar la diferencia entre los tres elementos que la forman, por lo que para mostrar en cada columna la separación entre su basa y su correspondiente fuste se recurre horizontalmente al uso de una doble imposta biselada.

En el fuste de las columnas, a una altura algo superior a la mitad del mismo, se desarrolla otra imposta igualmente biselada, con lo que podemos así denominar a estos soportes cilíndricos como columnas anilladas, que quedan complementadas con otro anillo superior, tal y como vemos a continuación.

En cuanto a la parte superior del fuste, donde se encuentra el tercer elemento de las columnas, es decir el capitel, tenemos en este caso una singular forma en su elaboración, ya que el mismo está formado por otro anillo o imposta que contornea toda la columna, ornamentada con representación en relieve de motivos vegetales, zoomorfos, de figuras humanas, y además la heráldica del marqués de Villena en cada una de ellas.

También cuentan estas columnas con otras molduras verticales, formadas por unas dobles semicolumnillas o pilastrillas que parten desde el zócalo de la basa hasta la imposta decorada que hace de capitel, lugar donde apoyan los arcos fajones y formeros de las naves, por lo que hay un total de cuatro semicolumnillas dobles en cada una de las columnas, orientadas a cada uno de los puntos cardinales.

Por lo que se refiere a las bóvedas, hay que reseñar que los escudos de los Pacheco antes indicados en las impostas decoradas, se encuentran en el punto de apoyo de los nervios de los arcos de dichas bóvedas a cada una de las columnas.

En el espacio o pasillo central existente entre el Altar Mayor y el Coro se encuentra la denominada Vía Sacra, delimitada a través de balaustradas metálicas laterales, con diversas losas que cubren numerosos enterramientos.
Trascoro
Construido en el segundo tramo de la nave central, según entramos desde los pies de la iglesia, como parte exterior del muro que rodea y protege la sillería del coro, éste no tiene la importancia artística que el resto de las obras de la Colegiata.

Realizado en yeso duro sus dos costados o laterales cuentan cada uno con una puerta de acceso al coro, sin detentar decoración alguna, mientras que en el muro central de los pies o testero del trascoro se encuentran tres altares encastrados de estilo barroco rematados con arcos de medio punto, separados entre ellos por columnas de fuste estriado y capiteles jónicos.

El de la izquierda, denominado de San Blas, personifica la figura de este santo a través de un lienzo de comienzos del siglo XVIII, vestido de obispo, con capa pluvial, mitra y báculo.

El altar de la Inmaculada se sitúa en el centro de este muro del trascoro, conteniendo en una hornacina la escultura de la Virgen así denominada. El retablo de este altar del siglo XVIII, cobijado en un arco de tipo avenerado, contiene en su parte superior central una pequeña tabla con el busto de San Francisco de Asís vistiendo el hábito franciscano con la capucha sobre su cabeza y sus manos entrecruzadas apoyadas en su pecho y abrazando una cruz. Por encima de este altar se encuentra un medallón con escudo de los Pacheco.

El de la derecha, que es el altar de las Ánimas, es de menor valor artístico y posee un lienzo con la representación de la escena del Infierno-Purgatorio-Cielo, mostrando en su parte inferior el fuego consumiendo a hombres y mujeres desnudos, mientras que en la superior pinta a la Virgen y los Santos como intercesores de las ánimas benditas.

Tal y como se indicó al final de la descripción exterior de la Colegiata se detallan a continuación cada una de sus capillas, en un recorrido que comienza a la izquierda de su entrada, con la Capilla del Bautismo, siguiendo el recorrido por la nave izquierda, continuando por la capilla central y terminando por la de la derecha, la de la epístola, hasta volver al piecero del templo.