En 1269, el Rey Sabio dio órdenes de reconstruir de nuevo Moya y concedió diversos privilegios a sus moradores y caballeros. Las intrigas sucesorias de los Infantes de Lara dieron duros años a Moya por declararse partidaria de Sancho IV. Moya cayó en poder de Juan Núñez de Lara con auxilio del Rey de Aragón en 1290. Entre los Lara y las represalias de Sancho IV, estas tierras fueron en diversas ocasiones sitiadas, taladas y robadas. Definitivamente, el rey Sancho arrebató Moya a Juan Núñez de Lara en 1292. Este rey, a la vista de la desolación y ruinas de la villa, concedió a Moya, como Premio a su lealtad, exención de impuestos de moneda foral, confirmó sus fueros y otros privilegios.