Los testimonios arqueológicos que rodean la Villa de
San Clemente marcan los inicios de su andadura, tanto en la Edad del Bronce Medio (1500 a 1250 a. C), con restos en la Morra de
Rus y el Cerro del Toril, como en la época Celtibérica (en la que destaca un poblado celtíbero). Durante la Época
Romana (republicana e imperial) aparece el
Puente Romano construido para flanquear el
río Rus. Esta obra es un magnífico puente de tres
arcos de
fábrica de sillar siendo el mejor conservado de todos los
puentes romanos de la provincia. También hay constancia de un miliario de la
vía Segobriga-Carthago Nova que pasaba por la actual Villa.
De la época Tardorromana (s. III y IV d. C) se aprecian restos pertenecientes a antiguas villas
romanas, el descubrimiento de un fuste de
columna visigoda, decorada con motivos geométricos sobre la caliza, nos demuestran también el paso de este
pueblo visigodo. Dicho fuste se puede reconocer como parte integrante de un cancel perteneciente a una antigua basílica visigoda.
Un hecho importante en la
historia de San Clemente radica en la guerra que mantuvieron los Reyes Católicos contra los seguidores de Beltraneja, aspirante al trono que ostentaba Isabel la Católica entre los años 1476-1479, entre cuyos seguidores se encontraba Don Diego Pacheco, Marqués de Villena. En este enfrentamiento, el pueblo de San Clemente decidió apoyar a Isabel la Católica y se revela contra el poder del Marqués de Villena. Una vez finalizada la guerra con victoria para el bando isabelino, el apoyo que San Clemente le brindo le sirvió para que los Reyes Católicos decidieran incorporar la villa de San Clemente a la corona, haciéndola de realengo y otorgándole la independencia de la villa de Alarcón; recibiendo la visita de los Reyes Católicos el día 9 de Agosto de 1488, visita en la que, como símbolo de gratitud por el apoyo prestado, confirmaron los privilegios que anteriormente les habían otorgado, jurando “de facer guardar y facer mandar guardar todas las cosas y mercedes y privilegios que tenía dicha villa”.