El crucero es más alto y se cierra en forma de linterna. La
cúpula es de media naranja y está adornada con gajos sobre pechinas, es de Antonio Segura. El cuerpo de la
iglesia está separado del presbiterio por una verja decorada con las armas reales y la
cruz de Santiago. Las
capillas laterales (donde se muestra la
historia de la Orden de Santiago y del
Monasterio) están intercomunicadas. Su construcción se finalizó en 1598.