A tres leguas de
Cuenca, entre
montañas y crestas, tocando los altos de
Cabrejas, donde nace la Cordillera Oretana, visigodos y musulmanes acamparon sobre estas tierras.
Alfonso VIII, después de arrebatarle a los musulmanes Cuenca en el año 1177, el 7 de junio de 1185 da a la Orden de Santiago una aldea llamada "Villanueva", antiguamente denominada "Foios Rotundus", ubicada en el término de Cuenca entre las aldeas llamadas "Almerones" y "Casares de García Ramírez".
Durante los siglos XII y XIII, se instalaron aldeas y núcleos repoblativos y, sobre las
ruinas y cimientos de poblaciones abandonadas, surgían los nuevos nombres de terminología romance castellana, "Hoyos Redondos", "La morrilla", "La
fuente la Linda" y "Laza Conejo" pasando después al poblado de "El Casuto", como así se ha comprobado a través de los yacimientos arqueológicos: tumbas excavadas en
roca, monedas,
ermita o
capilla, etc., hasta llegar a Villanueva, como
fruto del asentamiento definitivo en las zonas de repoblación ganadas a lo largo de la Reconquista.
Tanto el rey Alfonso VIII como el Concejo se preocuparon en ampliar el alfoz de Cuenca, y en 1201 confirmaron el acuerdo por el que "Valtabaldo" quedaría para la Orden de Santiago, y "Villanueva" para Cuenca. Ya tenemos a Villanueva situada en una ladera, con vega y
río -el arroyo del Ejidillo-, que nace en "la Fuente de la Zarza" y dominado por un enclave defensivo, recinto
amurallado, con un
arco de medio punto y
portada almenada.
Aldea de Cuenca ya en el siglo XVI, cuando dependía del Rey y su población era de "cien vecinos" (unos quinientos habitantes), según el Libro de Visitas del Partido de la Mancha, año 1579. Vecindario suficiente para levantar la joya arquitectónica de su
iglesia.