De aldea de Alarcón, pasaría a ser aldea de
San Clemente en 1445, para pasar después, junto a esta localidad, a ser parte de los territorios administrados por la Corona. A principios del siglo XVII, se venderá a un señor particular, pasando a los dominios del Marquesado de Valguerrero. Desde entonces, hasta la abolición del señorío en el siglo XIX, la villa estaría regida por un Gobernador.
Siendo uno de los lugares más antiguamente habitados de todos los municipios que conforman actualmente La Mancha conquense,
Villar de Cantos quedó despoblado tras la fuerte corriente migratoria que se sucede tras la década de los sesenta y que llevó a que numerosos municipios de toda la comarca menguaran considerablemente su población.
Al tratarse de una pedanía, carecer de servicio de
agua y de electricidad, así como asistencia médica o servicio educacional alguno, sus más de doscientos habitantes tuvieron que asentar sus residencias en otros municipios de la comarca o en las más diversas ciudades.
A pesar de haber tenido su propio
ayuntamiento y contar con una importante jurisdicción eclesial, sus habitantes eran principalmente colonos con escasas propiedades, factor que también aceleró su despoblación. Aunque en la
historia tuvo altibajos como cualquier otro lugar, en sus proximidades se ubica un importante yacimiento arqueológico de una hipotética notable valía histórica, con la constancia de asentamientos de las más diversas épocas.
Desde que en 1995 surgiera la Asociación
Amigos de Villar de Cantos, dispuesta a rescatar física y existencialmente este lugar, se han llevado a cabo un gran número de acciones. En 1997 este lugar volvió a contar con vecinos empadronados y próximamente, la energía eléctrica llenará de luz esta población.