Por desgracia y según cuenta la historia, fue asesinada poco después de la muerte de Antíoco II por su anterior esposa Laodice, celosa por haber sido desplazada del poder. Este asesinato provocó la guerra entre Egipto y Siria, ya que el hermano de Berenice, Tolomeo III Evergetes, consideraba que su hermana había sido asesinada por Seleuco II, quien ocupó el trono tras su muerte.