La iglesia ha sufrido diversas remodelaciones a lo largo de su historia. En el siglo XVI el cardenal Tavera mando construir junto al presbiterio una capilla hoy desaparecida. En el asalto de 1710 sufrió grandes destrozos. Entre el 8 y el 10 de diciembre de 1710 se desarrolla en tierras alcarreñas la que los historiadores consideran la última gran batalla de la Guerra de Sucesión: la Batalla de Brihuega-Villaviciosa.