La Iglesia de San Pedro fue la más importante del municipio, incluso la única, durante muchos años.
En 1791 se cerró la iglesia de Santa María repartiéndose sus enseres entre San Pedro y San Juan. San Pedro se quedó como principal, además recibió a la Virgen y todo su ajuar. Su suelo estaba lleno de lápidas sepulcrales de los nobles de Hita, que se trasladaron a la Iglesia de San Juan después de su destrucción en la Guerra Civil.
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