Unas teorías afirman que
Huetos fue repoblada por pastores vascos, que bautizaron la aldea como "Otos", y que evolucionó con el paso del tiempo hasta la denominación actual. Otras teorías afirman que su nombre viene de "
huertos", "huétor" o "huecos".
Después de la Reconquista, Huetos quedó incluido en el Común de Villa y Tierra de Atienza, rigiéndose por su Fuero.
Al fundar el
monasterio cisterciense de
Santa María de Óvila, el rey Alfonso VIII de Castilla, en el último cuarto del siglo XII, donó al abad y al monasterio referido la aldea de Huetos. En su poder estuvo largos años y en 1411 la abadía cedió sus propiedades a los habitantes del lugar, a cambio de un censo perpetuo colectivo por importe de 200 reales de plata al año.
A finales del siglo XV, la aldea de Huetos pasó a formar parte del señorío y jurisdicción de
Cifuentes, y en poder de los condes de este título, luego Duques de Pastrana y del Infantado, estuvo hasta el siglo XIX.
A finales del siglo XVI, en concreto en 1578, el Rey Felipe II ordenó a sus gobernadores y corregidores la cumplimentación de unas relaciones que recogieran datos de todas las aldeas,
pueblos, villas y ciudades de la Península Ibérica que se hallaban en sus reinos. La que se refiere a la villa de Carrascosa de Tajo, cita a Huetos en el punto 21:
"[...] en esta Villa hay una
fuente de donde beben
agua, y esta apartada de esta Villa, y van a moler dos leguas, y una lo más cerca, que es al monasterio de Ovila,
Trillo, Sotoca y Huetos".
En 1580, en la Descripción topográfica de Sotoca hecha por su Consejo respondiendo a similares preguntas de Felipe II, ya se citaba Huetos brevemente en el punto 16:
"[...] a la parte donde cae el norte es un lugar que llaman Huetos, habrá media legua pequeña, y ésta es derecho al norte: este
pueblo es sano, tierra áspera."
El Nomenclator Descriptivo, Geográfico y Estadístico del Obispado de Sigüenza, describía así Huetos en 1886:
"Villa de unos 60 vecinos, distante doce leguas de
Guadalajara su provincia; siete de Sigüenza, su audiencia; una de Cifuentes su partido judicial y arciprestazgo, y veintidos de
Madrid, su Capitanía general. Se halla situada en una pequeña loma, en la parte superior de una vega muy feraz, entre elevados cerros, que la resguardan de los vientos N., S. y E., gozando clima templado. Su
Iglesia parroquial de primer ascenso, matriz de la de Sotoca, está dedicada a la Natividad de Nuestra Señora. El
cementerio, esta al N. y fuera de la villa, la fuente pública para el uso de los vecinos. El término confina con los de su anejo,
Canredondo, Carrascosa de Tajo y
Oter. Dentro de él, se encuentra la
ermita de
San José, y varias
fuentes. El terreno, a excepción de la mencionada vega, y un pequeño
valle, es quebrado, áspero y no de la mejor calidad: comprende
montes de roble, chaparro, encina y
pino, y fertilizan la vega y valle, dos pequeños arroyos, que brotan en el término, se reúnen dentro de él y recogen las
aguas sobrantes de la fuente pública. Las producciones, son granos y legumbres de todas clases,
hortalizas,
frutas, alazor, vino y algo de aceite, por ser todavía muy
joven la plantación de
olivos. Huetos posee una
escuela de ambos sexos dotada con 300 pesetas al año, tiene
casa rectoral, y asiste al centro de Conferencias de Oter, con Canredondo,
Ocentejo y Carrascosa de Tajo."
El Censo de 1910 describía así a Huetos:
"Perteneciente a la provincia de Guadalajara, en Castilla La Nueva, Huetos consta de 201 edificaciones y
albergues y 277 habitantes. Se compone de la Villa de su nombre y de 14 edificaciones y albergues aislados. Corresponde al partido judicial de Cifuentes, diocesis de Sigüenza. Está situado en una vega, entre elevados cerros cerca de Carrascosa de Tajo. Terreno quebrado; produce cereales, vino, patatas, frutas, etc."
Durante toda la Guerra Civil, Huetos permaneció dentro del territorio republicano y alejado de la primera línea de frente de la conocida Batalla de Guadalajara, que enfrentó al
Ejercito leal a la República y al Corpo Truppe Volontarie Italiano apoyado por unidades del Ejército Franquista en torno a la capital alcarreña en un intento por parte de los sublevados de penetrar en Madrid por el Norte.
La defensa de la zona de Huetos correspondió a Batallones de la 138 Brigada Mixta Republicana, integrada en la 33 División del Ejército Popular de la República, la cual a su vez formaba parte del IV Cuerpo de Ejército, con puesto de mando en Alcohete (Guadalajara). El hecho de estar alejado de la línea de frente, establecida al norte del Tajuña, favoreció la escasa actividad
militar en el término municipal de Huetos. No así en el cercano municipio de Cifuentes, que tuvo que hacer frente a esporádicos bombardeos de la aviación de Franco.
El punto de despliegue militar republicano más destacado en cuando a hombres y armamentos más cercano a Huetos fue en el collado de
Sacecorbo y los restos de
arquitectura militar más próximos que se conservan hoy día son unas trincheras a unos 5 kilómetros en el Cresterío de Alto Pinoso (Canredondo) y otras a unos 3 kilómetros en la Cuesta del Hoyo (Carrascosa de Tajo)
En los años 1970, dada la constante despoblación de la localidad, se integró dentro del municipio de Cifuentes como un
barrio y no como EATIM (Entidad de Ámbito Territorial Inferior al Municipio), y así continua hasta la actualidad, aunque cuenta con su propio Alcalde pedáneo, dependiente de la corporación municipal cifontina, situación similar a la de otros nueve núcleos de población que están integrados en el mencionado municipio.
Huetos es hoy día el lugar donde muchos de los nacidos y sus descendientes han fijado su segunda residencia, sobre todo en la época estival, cuando se multiplica por cinco el número de vecinos.