Molina está integrada en la comarca de Señorío de Molina-Alto Tajo, de la que ejerce de capital.
Se encuentra muy cercana al parque natural del Alto Tajo, territorio con uno de los mayores conjuntos de cañones fluviales del interior peninsular.
De fundación árabe, sobre un asentamiento celtíbero, durante el periodo califal, la zona debió de estar muy poco poblada y sus habitantes habrían sido principalmente bereberes arabizados.
Durante la Reconquista fue tomada por el rey aragonés Alfonso I el Batallador en 1128. El heredero de Alfonso I, su hermano Ramiro II, optó por ceder a Castilla las tierras correspondientes al señorío de Molina. Posteriormente la zona retornó a manos musulmanas, concretamente almorávides.
Alrededor de 1139, las tierras fueron tomadas de nuevo por Manrique de Lara, y la zona se constituyó en señorío independiente. Por lo que, Manrique de Lara fue el primer señor de Molina, y Molina un señorío independiente de las coronas de Aragón y Castilla por más de un siglo y medio, teniendo su propio fuero.
En el año 1366 Enrique II de Castilla dona Molina a su lugarteniente Bertrand du Guesclin, pero el pueblo se rebela y decide ponerse bajo la soberanía de Aragón, culminando el proceso tres años más tarde con la aceptación por parte del rey aragonés. De esta pertenencia proviene el nombre actual de la ciudad, antes conocida como Molina de los Caballeros. En 1375 vuelve a manos castellanas, al ser entregado el señorío en la dote matrimonial de Leonor (infanta de Aragón) en su matrimonio con el infante Juan de Castilla.
Durante la Guerra de Independencia, la resistencia de Molina a las tropas francesas, motivó que estas, en represalia, incendiaran la villa. En reconocimiento, las Cortes le concedieron el título de "Muy Noble y Muy Leal Ciudad".
La economía actual de Molina se centra en el comercio y en el sector servicios. En el que tiene gran influencia el turismo rural, que es atraído por la naturaleza, la historia y patrimonio cultural, tanto de Molina de Aragón como toda de la comarca del señorío de Molina.
Por su patrimonio arquitectónico, está Declarado Conjunto Histórico Artístico.
El río Gallo, afluente del Tajo, atraviesa la localidad.
La altitud del pueblo de Molina de Aragón es de 1161 metros sobre el nivel del mar. Por lo que durante el invierno su clima es bastante frío y riguroso.