Puede señalarse la fecha concreta de 1164 como la de fundación de este cenobio. En ese año, el rey Alfonso VIII de Castilla, muy aficionado a la naciente Orden monacal de San Bernardo, concedió aquel buen valle a unos pocos monjes cistercienses, a los que ponía como condición que lo habitasen velut precarium (como de prestado) y que en ese lugar cumplieran con la doble misión que estos monasterios medievales tenían en la estrategia político- militar de los reyes castellanos: la de repoblar su entorno, y servir de barrera en caso de una, ya improbable, nueva invasión agarena. Pocos años después, en 1175, y por escritura fechada en Fitero, uno de los más antiguos e importantes cenobios bernardos del territorio hispano, Alfonso VIII cedía definitiva y completamente Bonaval a la orden de los monjes blancos, y a su abad don Nuño en representación de todos ellos, tanto de los presentes como futuros monjes que allí vivan. Los primeros pobladores fueron venidos del Monasterio de Valbuena, en Palencia.