Al consagrar el obispo don Bernardo la mezquita mayor de
Toledo, convirtiéndola en
iglesia de
Santa María, la dotó el rey Alfonso VI, en una
reunión de la curia, en 1806, con las villas de
Cobeja, Almonacid, Alcolea del Tajo,
Cabañas de la Sagra, Brihuega y otras tierras y
molinos. Se cita de nuevo esta villa en documentos mozárabes toledanos, a partir del 1173. Tenía un fuero especial en las ventas de las
fincas, tal vez por ser alquería de la
Catedral.
Toponímico: En los siglos XII y XIII aparece escrito como "Covexa", "Covessa", "Cobessa", "Alcobieca" y "Cobeixa"; en el siglo XV aparece como "Cobeza" y "Cobeja"; en el siglo XVII aparece como "Couesa". Se piensa que es un diminutivo despectivo de
cueva, viniendo a significar "covacha", "covachuela".