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En 1598 se le encarga la dirección del proceso de la Inquisición contra Giordano Bruno (quien tras su negativa a retractarse de sus ideas sobre los múltiples sistemas solares y la infinitud del universo, pasaría ocho años en prisión y sería quemado vivo en la hoguera). En 1616 el Santo Tribunal hace un análisis de la teoría heliocéntrica expuesta por Nicolás Copérnico y que empezaba a tener mucha fama en el ámbito científico, filosófico y teológico. De acuerdo a la experiencia cotidiana y por ciertos fragmentos de la Sagrada Biblia, se llegó a la conclusión de que esta teoría, aunque no era herética, era contraria a las Escrituras y falsa en la filosofía, por eso, Belarmino es mandado a que poco después se haga firmar a Galileo, para no exponer su teoría como verdad absoluta, sino como una hipótesis, argumentando que las pruebas no eran concluyentes.
Muy en contra de sus deseos personales, el Santo Padre, el Papa Clemente VIII, lo nombró Arzobispo de Capua, el 21 de abril de 1602 y Cardenal presbítero de San Mateo en Vía Merulana y Cardenal presbítero de Santa Práxedes y puso como razón para ello lo siguiente: "Este es el sacerdote más sabio de la actualidad". Belarmino se negaba a aceptar tan alto cargo, diciendo que los reglamentos de la Compañía de Jesús prohíben aceptar títulos elevados en la Iglesia. El Papa le respondió que él tenía poder para dispensarlo de ese reglamento, y al fin le mandó, bajo pena de pecado mortal, aceptar el cardenalato. Tuvo que aceptarlo, pero siguió viviendo tan sencillamente y sin ostentación como lo había venido haciendo cuando era un simple sacerdote. Al llegar a las habitaciones de Cardenal en el Vaticano, quitó las cortinas lujosas que había en las paredes y las mandó repartir entre las gentes pobres, diciendo: "Las paredes no sufren de frío".
Los superiores Jesuitas le encomendaron que se encargara de la dirección espiritual de los jóvenes seminaristas, y San Roberto tuvo la suerte de contar entre sus dirigidos, a San Luis Gonzaga. Después cuando Belarmino se muera dejará como petición que lo entierren junto a la tumba de San Luis, diciendo: "Es que fue mi discípulo".
El papa Paulo V le pidió que volviera a Roma, donde se hizo cargo de la Biblioteca Vaticana.
En la elección del nuevo Sumo Pontífice, el cardenal Belarmino tuvo 14 votos, la mitad de los votantes. Quizá no le eligieron por ser Jesuita (pues estos padres tenían muchos enemigos). El rezaba y fervorosamente a Dios para que lo librara de semejante cargo tan difícil, y fue escuchado.
En los últimos años pedía permiso al Sumo Pontífice y se iba a pasar semanas y semanas al noviciado de los Jesuitas, y allá se dedicaba a rezar y a obedecer tan humildemente como si fuera un sencillo novicio.
Poco antes de morir escribió en su testamento que lo poco que tenía se repartiera entre los pobres (lo que dejó no alcanzó sino para costear los gastos de su entierro). Que sus funerales fueran de noche (para que no hubiera tanta gente) y se hicieran sin solemnidad. Murió en Roma el 17 de septiembre del año 1621, pero a pesar de que se le obedeció haciéndole los funerales de noche, el gentío fue inmenso y todos estaban convencidos de que estaban asistiendo al entierro de un santo.
Fue beatificado y canonizado por el papa Pío XI en 1930. Fue declarado doctor de la Iglesia en 1931. El 26 de abril de 1969 el papa Pablo VI creó un título cardenalicio con su nombre. Jorge Mario Bergoglio era el titular de esa cátedra cardenalicia cuando fue elegido Sumo Pontífice bajo el nombre de Francisco en el Cónclave de 2013
Muy en contra de sus deseos personales, el Santo Padre, el Papa Clemente VIII, lo nombró Arzobispo de Capua, el 21 de abril de 1602 y Cardenal presbítero de San Mateo en Vía Merulana y Cardenal presbítero de Santa Práxedes y puso como razón para ello lo siguiente: "Este es el sacerdote más sabio de la actualidad". Belarmino se negaba a aceptar tan alto cargo, diciendo que los reglamentos de la Compañía de Jesús prohíben aceptar títulos elevados en la Iglesia. El Papa le respondió que él tenía poder para dispensarlo de ese reglamento, y al fin le mandó, bajo pena de pecado mortal, aceptar el cardenalato. Tuvo que aceptarlo, pero siguió viviendo tan sencillamente y sin ostentación como lo había venido haciendo cuando era un simple sacerdote. Al llegar a las habitaciones de Cardenal en el Vaticano, quitó las cortinas lujosas que había en las paredes y las mandó repartir entre las gentes pobres, diciendo: "Las paredes no sufren de frío".
Los superiores Jesuitas le encomendaron que se encargara de la dirección espiritual de los jóvenes seminaristas, y San Roberto tuvo la suerte de contar entre sus dirigidos, a San Luis Gonzaga. Después cuando Belarmino se muera dejará como petición que lo entierren junto a la tumba de San Luis, diciendo: "Es que fue mi discípulo".
El papa Paulo V le pidió que volviera a Roma, donde se hizo cargo de la Biblioteca Vaticana.
En la elección del nuevo Sumo Pontífice, el cardenal Belarmino tuvo 14 votos, la mitad de los votantes. Quizá no le eligieron por ser Jesuita (pues estos padres tenían muchos enemigos). El rezaba y fervorosamente a Dios para que lo librara de semejante cargo tan difícil, y fue escuchado.
En los últimos años pedía permiso al Sumo Pontífice y se iba a pasar semanas y semanas al noviciado de los Jesuitas, y allá se dedicaba a rezar y a obedecer tan humildemente como si fuera un sencillo novicio.
Poco antes de morir escribió en su testamento que lo poco que tenía se repartiera entre los pobres (lo que dejó no alcanzó sino para costear los gastos de su entierro). Que sus funerales fueran de noche (para que no hubiera tanta gente) y se hicieran sin solemnidad. Murió en Roma el 17 de septiembre del año 1621, pero a pesar de que se le obedeció haciéndole los funerales de noche, el gentío fue inmenso y todos estaban convencidos de que estaban asistiendo al entierro de un santo.
Fue beatificado y canonizado por el papa Pío XI en 1930. Fue declarado doctor de la Iglesia en 1931. El 26 de abril de 1969 el papa Pablo VI creó un título cardenalicio con su nombre. Jorge Mario Bergoglio era el titular de esa cátedra cardenalicia cuando fue elegido Sumo Pontífice bajo el nombre de Francisco en el Cónclave de 2013