En pleno “Camino Francés de Santiago”, muy cercano al río Vena, a sólo 25 kilómetros de Burgos y 4 de Atapuerca, encontramos este pueblo, que el Catastro del Marqués de la Ensenada en el año 1752 cataloga como de realengo, es decir, gozaba de la protección del rey, al que pagaba tributos.
Lo rodean Atapuerca, Hiniestra, Santovenia de Oca y Zalduendo.
La historia trae para él aires de antigüedad en el recuerdo de la decisiva batalla, librada en 1054 en sus campos entre el rey castellano Fernando I y el navarro García III, que murió en la batalla, entre Agés y Atapuerca, en el lugar llamado desde entonces “Fin de rey”, recordado con una enorme piedra entre los dos pueblos. Agés conserva el sepulcro con relieves, en el que estuvo el cuerpo del rey fallecido. Ya para entonces había aparecido su nombre escrito en dos ocasiones. la primera el 1 de mayo de 972 en el Cartulario del Monasterio de San Pedro de Cardeña y unos años después, el 22 de noviembre de 994 en la documentación del Monasterio de San Salvador de Oña.
El Diccionario de Pascual Madoz le atribuye en 1848 la cifra de 207 habitantes, que llega a aumentar en 1900 hasta 367. la primera mitad del siglo XX con sus difíciles circunstancias lo reduce hasta 254 en el año 1950. Y la Guía diocesana del 2000 le asigna únicamente 10 habitantes en aquel año