Al pie mismo de la Peña de su nombre, en su cara sur, protegida del viento del norte, atesorando enormes riquezas del pasado, hallamos a AMAYA, hasta donde se llega por una carretera que parte desde Sotresgudo, en la que une Villadiego con Herrera de Río Pisuerga, ya en la provincia de Palencia, distante 21 kilómetros de Villadiego y 59 de Burgos.
Aunque sus orígenes (sino en cuanto al pueblo, si en cuanto a la zona) se pierden en la profundidad de la prehistoria, su nombre como pueblo lo encontramos escrito por primera vez en el Becerro de las Behetrías, censo-pesquisa del rey Pedro I en 1352, como Santibáñez de Amaya (San Juan de Amaya) tomando nombre de la ciudad prerromana, romana, visigótica y medieval de lo alto de la Peña.
Lo rodean Puentes y Peones de Amaya, Villamartín de Villadiego y Valtierra de Albacastro al otro lado de la Peña.
En 1848, según Pascual Madoz en su Diccionario geográfico, contaba con 184 habitantes, que, siguiendo la trayectoria de la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, aumentaron al final del siglo XIX hasta 260, y, a pesar de la dureza de la primera mitad del siglo XX, hasta 275 en el 1950.
La avalancha de la emigración ha tratado con dureza a este pueblo hasta dejarlo reducido a 62 habitantes en el año 2000. El Marqués de la Ensenada, recogiendo las declaraciones de sus pobladores en 1752 en las respuestas generales de su Catastro, lo presenta perteneciendo al señorío del Vizconde de Amaya.
Pero en Amaya es importante su historia, vivida de modo especial en la Peña o el Castillo, que hunde sus raíces hasta la remota prehistoria, pues se han hallado vestigios de la Cultura Campaniforme en los comienzos del segundo milenio a. C.; posibles de la Edad de Hierro I y seguros de Hierro II; de la Edad del Bronce, ya después del año 1000 a. C.; asentamiento amurallado cántabro; romanos, con abundancia de inscripciones con nombres de personas, estelas, monedas…; restos visigóticos y la definitiva repoblación por el conde Rodrigo en 860.