Se fundó en un campo que se denominaba Bretonera, de ahí que también se llame el Monasterio de Nuestra Señora de la Bretonera. En su comienzo fue una comunidad de piadosas mujeres que en 1358 pidieron al Papa les concediera la regla de Santa Clara para ajustar a ella su vida. El P. Lope de Salinas, en 1446, fundó en convento de la Orden Tercera de San Francisco secundado por el Conde de Haro, y en 1460 obtuvo bula pontificia para erigir convento de la regla de Santa Clara.

Pocos años después se reparó el convento y se reedificó la iglesia con ayuda de dos religiosas, hijas de don Bernardino de Velasco: doña María y doña Inés de Velasco, cuyas aportaciones, junto a las de otros miembros de la comunidad, hicieron posible las obras. El obispo de Burgos, don Luis de Acuña fue especialísimo bienhechor del convento, ampliando el edificio y recuperando algunas posesiones que estaban perdidas.

Otro gran bienhechor fue Simón Ruiz Embito, natural de Belorado, residente en Medina del Campo. Que acudió con donativos a las necesidades del Monasterio de Santa Clara. En su testamento dejó un legado por 40.000 maravedíes en su favor.

Entre las religiosas que sobresalieron por su espiritualidad, están las citadas hermanas María e Inés de Velasco, Casilda Calderón, Clara de Torres, Jerónima Martínez, Juana Rodríguez, Bernardina Samaniego, Francisca Valiente, Isabel Ordoñez y la primera priora, Gol González.

Por la guerra de la Independencia la comunidad se vio obligada a abandonar el Monasterio. A su regreso encontraron los altares de la iglesia convertidos en pavesas. El apoyo moral y económico de algunas personas generosas las ayudó a vivir su vida religiosa con normalidad por algunos años. Por los decretos de Mendizábal (1835) sus posesiones fueron confiscadas. Privadas de sus bienes, casa y fincas las religiosas se vieron sumidas en una extrema pobreza. Después de la desamortización el Monasterio recobró su vida hasta la actualidad.