En la zona de culto hay dos capillas destinadas permanentemente a la oración personal y a las celebraciones litúrgicas, a las que se puede acceder por la portada principal una vez concluida la visita.
La Capilla del Santo Cristo está situada a la izquierda. En ella encontramos la imagen del Santo Cristo de Burgos, cuya devoción se extiende por varias Regiones de España y por numerosas naciones de Hispanoamérica, donde es conocido como «El Señor de Burgos».

La capilla es una obra de estilo gótico, del siglo XIV, edificada sobre el antiguo claustro románico. La imagen es una singular talla realizada en madera policromada, cuyo origen está envuelto en la leyenda del mercader (que la encuentra en el mar en uno de sus viajes comerciales) y la entrega a los Agustinos de la ciudad, a cuyas oraciones se había encomendado. Tiene todas las articulaciones humanas, pelo natural y está revestida de piel de bóvido. A ella se atribuyen multitud de milagros.