Se ubica en la intersección del paseo del Empecinado con la calle del Carmen, entre el río Arlanzón y el Bulevar de la capital Burgalesa. Se trata de una construcción moderna, de los años sesenta del siglo XX, y sustituyó a un derribado edificio barroco, el primitivo convento carmelitano, del que apenas quedan restos. Su construcción fue llevada a cabo bajo la visión del arquitecto Felipe de Abajo Ontañón

En 1966, en una decisión muy controvertida, y que además no contó con licencia municipal o gubernativa, los Carmelitas optaron por demoler la vieja fábrica barroca, claustro procesional incluido, y levantar en el solar unas instalaciones modernas. El Ayuntamiento de Burgos sancionó a la Comunidad con una multa simbólica (cincuenta pesetas) por haber empezado el derribo sin permiso legal. En 1968 se inauguró la nueva iglesia, construida con hormigón, ladrillo y pizarra por los arquitectos Felipe Abajo y Pedro Gutiérrez en un estilo contemporáneo funcional. Exteriormente llama la atención su silueta piramidal escalonada e interiormente, la esbeltez y la claridad de volumen.

La única pieza del mobiliario antiguo que se conserva es, en el columbario de la iglesia, un valioso relieve de la Piedad que perteneció al retablo facturado en 1612 por Juan de Muniátegui. Según el especialista Martín González, esta Piedad podría ser obra temprana de Gregorio Fernández.

El primitivo conjunto conventual fue levantado a principios del siglo XVII a instancias de la familia de Dña. Catalina de Tolosa, una piadosa dama vizcaína residente en Burgos y amiga de Santa Teresa de Jesús, a la que había ayudado en la fundación en 1582, meses antes de morir la reformadora carmelitana, del femenino Convento de San José y Santa Ana, en la misma ciudad. La fundación de un convento para monjes del Carmen Descalzo en las cercanías de Burgos había sido una de las disposiciones testamentarias de la madre Catalina de Jesús en 1596. Tras obtener el permiso del concejo municipal, las obras del cenobio teresiano se desarrollaron hasta 1611, fecha en que lo estrenó una reducida comunidad de frailes que estaba instalada en Burgos desde 1606.

En el siglo XVIII el convento y la iglesia, cuyas fábricas respondían a un estilo conventual protobarroco de acuerdo con la tipología carmelitana, fueron agrandados. Cuando la invasión francesa de 1808 el Convento sufrió graves destrucciones y expolio. Recuperado y rehabilitado por los monjes en 1813, su destino quedó sellado con la Desamortización de 1835, que supuso su exclaustración, la partición de la hacienda y su venta a diferentes postores. La vida conventual fue restablecida en 1877. En 1879, el Carmen burgalés fue destinado a Colegio Mayor de Filosofía y Teología de la Orden, función que sigue desempeñando en la actualidad.

Hay que destacar el monumental Crucificado que preside el altar mayor, impactante obra expresionista del escultor Jaume Perelló i Miró, que es una de sus creaciones más destacadas. Cabe señalar que es la talla más grande del mundo (9m. de altura) titulada Cristo del amor.