En 1401 el rey Enrique III erigió, en el lugar de Miraflores a las afueras de Burgos, un palacio al que acudía a cazar. En 1442, su hijo Juan II entregó dicho palacio a la Orden de los Cartujos con la intención de convertirlo en panteón real de Castilla.
En su construcción intervinieron artistas de la talla de Juan y Simón de Colonia y Pedro Berruguete. Por encargo de la reina Isabel I de Castilla, Gil de Siloe realizó el Retablo Mayor y el sepulcro de Juan II de Castilla e Isabel de Portugal. La iglesia se inauguró el año 1499.
La Cartuja de Miraflores está habitada por una comunidad de monjes pertenecientes a la Orden Monástica de la Cartuja. Fundada por San Bruno en el siglo XI, es una de las formas de monacato más singulares que pervive en la actualidad.