A principios del siglo XVII a instancias y con el mecenazgo de Dña. Catalina de Tolosa, que era Vizcaina y fue amiga en vida de Santa Teresa de Jesús, se levanta sobre el solar que ahora ocupa la moderna IGLESIA DEL CARMEN un convento para monjes del Carmen Descalzo.

Después de la obtención de permisos emitidos por el Ayuntamiento de Burgos, las obras duraron hasta 1911, en que los escasos monjes de la orden que residian en Burgos desde 1606 ocuparon las instalaciones conventuales. La dirección arquitectónica fue de D. Pedro de las Suertes que ya había participado en varias obras en la cercana población de Lerma.

El convento y su aneja iglesia fueron ampliados en el siglo XVII. Ambas eran instalaciones de estilo protobraroco, muy usadas por las órdenes carmelitanas. La invasión de tropas francesas de principio de ese siglo supuso al convento graves daños y destrucciones, siendo de nuevo rehabilitado en 1813.

ANTIGUA IGLESIA Y CONVENTO DEL CARMEN EN EL ESPACIO QUE TAMBIÉN OCUPA LA ACTUAL.

Sin embargo su peor golpe lo sufrió con la desamortización de Mendizabal de 1835 que significó la división, partición, exclaustración y venta de propiedades. Fue el propio arzobispado de la ciudad el que adquirió parte de la iglesia y el convento, volviendo éste a la vida monástica en 1877 siendo prior general José María de la Soledad Zárrabe, que volvió a adquirir bienes desamortizados previamente. En 1879, el Carmen burgalés fue destinado a Colegio Mayor de Filosofía y Teología de la Orden Carmelita.

La iglesia moderna que puede verse actualmente y cuyas imágenes acompañan en este texto data de 1966. El templo se ubica en la intersección del paseo del Empecinado con la calle del Carmen, entre el río Arlanzón y la antigua vía del ferrocarril.

En 1966 en sin contar con licencia ni autorización municipal, la orden demuele las construcciones primigenias dela fábrica barroca y su claustro procesional. Tras las sanciones gubernativas por este hecho, en 1968 se inauguran las nuevas instalaciones construidas con los elementos base de hormigón, ladrillo y pizarra por los arquitectos Felipe Abajo y Pedro Gutiérrez, en estilo contemporáneo funcional.

Lo más llamativo estéticamente es su silueta piramidal exterior escalonada, e interiormente la esbeltez y lo amplio del volumen. También destacan visualmente el monumental Cristo Crucificado que preside el altar mayor; una impactante y espectacular en sus medidas obra expresionista del escultor Jaime Perelló.

La iglesia es actualmente templo parroquial dentro de la propiedad que siguen ostentando los Padres Carmelitas Descalzos y en ella se celebra culto regular. Es sede también de la Hermandad de Nazarenos de Nuestra Señora de la Piedad, titular del paso de la Semana Santa burgalesa Nuestra Señora de la Piedad. Contiene además la Biblioteca provincial y el Archivo silveriano, que guarda cientos de manuscritos e incunables carmelitanos de los siglos XVI y XVII.