En plena Merindad de Sotoscueva, de la que es capital, a orillas del río Trema, en terreno llano y en un cruce de carreteras interiores, una de las cuales llega desde Espinosa de los Monteros a través de la estrecha hoz de las Diaclasas, encontramos a CORNEJO, a 12 kms de Villarcayo y 87 de Burgos.

Gozaba de la protección del rey al que pagaba tributos, es decir, era lugar de realengo, según afirma el Marqués de la Ensenada en su Catastro y encontramos su nombre escrito por primera vez en la documentación del monasterio de San Salvador de Oña el 25 julio de 1246.

Tiene la iglesia dedicada a San Juan Bautista y es de estilo renacentista, de una sola nave con dos capillas laterales y bóvedas de piedra. El ábside es rectangular con contrafuertes en esquinas, al que tiene adosada la sacristía. La portada es clasicista con pilastrones y arco de medio punto, bajo pórtico abierto con columnas del siglo XVI. La torre es cuadrada, de dos cuerpos, rematada en cupulín y pináculos, con ocho vanos, dos campanas y un campanillo. Una llamativa escalinata salva la altura desde la carretera al atrio. La pila es románica con borde acanalado, sencilla; y el retablo mayor es clasicista, bueno. Hay una Virgen sedente con Niño del siglo XIV y un hermoso tríptico flamenco.

Se conservan en su término tres ermitas: San Juan, San Miguel y San Mamés, las dos últimas medievales.

Hay datos de la existencia de un antiguo monasterio, dedicado a santa Leocadia.