Esta iglesia fue construida en el siglo XII, pero de la original no queda apenas nada. La que hoy podemos observar es del siglo XV, aunque conserva algún resto de la original en la nave derecha. En el templo de Santo Tomás se conserva el órgano que, aunque menos antiguo que el de la Colegiata, ya que este data del siglo XVIII, sigue sonando increíblemente, sobre todo los clarines que son dignos de oír. El edificio tiene muchos componentes interesantes como son su colección de retablos, la vidriera renacentista que representa la natividad, la hermosa pila bautismal, que es la original y por lo tanto románica, y por supuesto la escalera plateresca, «joya» de la iglesia. Los retablos originales fueron sustituidos en época barroca. El principal, neoclásico del siglo XVIII, muestra la Asunción de la Virgen. Otro retablo interesante es el dedicado a San José, que enmarca tres tablas hispanoflamencas del siglo XV.