Al abrigo de una de las estribaciones de la peña Amaya, en su parte suroeste, junto al arroyo del Cuérnago, cerca ya de la frontera con la provincia de Palencia, en la carretera que une Sotresgudo con Alar del Rey (ya en Palencia) y en terreno desigual, encontramos a CUEVAS DE AMAYA, a 23 km de Villadiego y 61 de Burgos.
Le dan cobijo y cercanía, formando círculo a su alrededor, Cañizar, Salazar y Puentes de Amaya, Rebolledillo de la Orden, la frontera con Palencia y Sotovellanos.
Pertenecía al señorío del Duque de Frías, aunque no pagaba impuestos, según el Marqués de la Ensenada en su Catastro y su nombre aparece escrito por primera vez en el censo-pesquisa que mandó hacer en toda Castilla el rey Pedro I en el año 1352, que dio lugar al llamado libro de las Behetrías.
Figura con 80 habitantes en el año 1848 en el Diccionario geográfico de Pascual Madoz y, fiel al modo de comportarse de la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, casi triplica su población a lo largo de la segunda mitad del siglo XIX, presentando en 1900 un censo de 223 personas. Aún siguió creciendo en la dura primera mitad del siglo XX y pueblan el lugar 254 habitantes en el año 1950. Y también la emigración de la segunda mitad del siglo ha ejercido su maléfico efecto en él, dejándolo reducido a 46 personas en el año 2000