A ambos lados de la carretera de Soria, dentro ya de las tierras altas de Lara, en el punto en que parte hacia la derecha la carretera de Covarrubias y Silos, a orillas del río del Laurel y en terreno desigual, se encuentra situado CUEVAS DE SAN ClEMENTE, a 20 km de lerma y 27 de Burgos. Son sus vecinos, que forman corona su alrededor, Mecerreyes, el despoblado de Mazariegos, Cubillo de Lara, Cubillo del César, Cubillo del Campo, Tornadijo y Madrigal y Torrecilla del Monte en la lejanía. Gozó de la protección del rey al que pagaba tributos, es decir, fue lugar de realengo, como aparece en el Catastro del Marqués de la Ensenada y encontramos por primera vez su nombre escrito en la documentación del Obispado de Burgos el 25 noviembre de 1152.
Habitaban el lugar 174 personas en el año 1848, como atestigua Pascual Madoz en su Diccionario geográfico. Siguiendo la trayectoria de la mayoría de los pueblos de la provincia, a lo largo de la segunda mitad del siglo XIX había triplicado su población, presentando en 1900 un censo de 380 personas. Aún siguió creciendo en la difícil primera mitad del siglo XX, apareciendo con 396 habitantes en el año 1950. Pero los efectos de la emigración de la segunda mitad del siglo lo han dejado reducido a 32 personas en el año 2000