Amaya es uno de los baluartes de la antigua Cantabria, elevándose esplendorosa sobre la llanura burgalesa. Esta enorme atalaya (1377 metros de altitud) ha sido habitada desde la Prehistoria, alcanzando gran auge en cuanto a presencia humana se refiere a finales del siglo X a. C. Es a partir de este punto donde Amaya comienza a tener una importancia destacable, convirtiéndose en uno de los principales castros cántabros en la Edad del Hierro. La raíz del topónimo "Amaya" quiere decir "am (ma)" o "madre", implicando que su nombre Amaya o Amaia es referido a "ciudad madre", implicando que su nombre Amaya o Amaia es referido a “ciudad madre” o como se denominaría más adelante "capital". No se sabe a ciencia cierta si Amaya fue en esencia capital de los cántabros prerromanos, ya que ninguna fuente clásica así lo recoge. Además no se han obtenido evidencias arqueológicas que así lo reflejasen, teniendo mucho más peso (por ejemplo) los hallazgos de Celada Marlantes, La Ulaña o Monte Bernorio. La misma idea de "capitalidad" no parece muy acertada para unas gentes organizadas en clanes, habitantes de poblados elevados sobre montes interconectados visualmente. De todos modos apoyados en la toponimia y ese aire místico y legendario, muchos creen que si fue la antigua capital de los cántabros.

Este bastión estratégico que domina el acceso de la meseta a territorio cántabro fue conquistado por los romanos en el transcurso de las guerras cántabras (29-19 a. C.) quienes fundaron entonces la cuidad de Amaya Patricia. La cita más antigua de Amaya la encontramos en el Itinerario de Barro, serie de cuatro placas/tablillas con las vias romanas del noroeste peninsular que data del siglo III d. C.. En la placa número I del citado Itinerario se señala el recorrido de la Vía Legione VII Gemina ad Portum Blendium que, partiendo de Legio VII Gemina (León), tiene su final en Portus Blendium (Suances):

01 | Prehistoria Los orígenes
Las cuevas que rodean Peña Amaya ya fueron habitadas por pequeños grupos humanos durante la Edad del Cobre, posiblemente de forma estacional cuando estas comunidades ganaderas subían sus rebaños a los pastos de verano.

Además, en cuevas y fuentes se han descubierto ofrendas de armas y otros objetos de valor para buscar la protección y favor de las divinidades.

02 | Segunda Edad del Hierro En el territorio de los cántabros
Peña Amaya formaba parte del territorio del pueblo prerromano de los cántabros, donde establecieron un poblado que dependía del gran castro de La Ulaña, situado a unos cinco kilómetros. Cuentan los cronistas romanos que desde estas posiciones los cántabros realizaban incursiones de pillaje sobre los pueblos que se extendían hacia el sur como vacceos y turmogos.

03 | Época romana De puesto de vigilancia a ciudad
Tras las guerras Cántabras (29 a. C-19 a. C) el territorio de Peña Amaya quedó intergado en el imperio romano. Sin embargo, la situación estaba lejos de ser pacífica, por que durante sesenta años estuvo presente en Peña Amaya un destacamento militar que dependía de la legión IIII Macedónica, instalada en Pisoraca (Herrera de Pisuerga).

Progresivamente, tomó forma una aldea romana que alcanzó cierta prosperidad a partir del siglo I. Mientras, en el llano, surgieron aldeas y, a partir del siglo III, villas romanas.

04 | Época visigoda Amaya Patricia: capital del ducado de Cantabria
Amaya se mantuvo habitada tras el colapso del imperio romano, subsistiendo de una forma prácticamente autónoma del reino visigodo de Toledo, hasta que en el año 574 “el rey Leovigildo, penetrando en Cantabria, ocupa Amaya, conquista sus fortificaciones y reintegra bajo su autoridad a la provincia”.

Amaya Patricia se convirtió entonces en la capital del ducado de Cantabria y en sede episcopal.

05 | Invasión musulmana Un territorio de frontera en los orígenes de Castilla
Tras la invasión de la penísula ibérica por los ejércitos musulmanes, gran parte de la aristocracia visigoda abandono Toledo para refugiarse en Peña Amaya. En el año 712 las tropas de Tarik atacaron la ciudad, aunque sus habitantes no ofrecieron resistencia y prefirieron cruzar las montañas y refugiarse en lo que poco después sería el reino astur.

Desde entonces, Amaya pervivió como un enclave autónomo del reino asturiano en la peligrosa frontera entre cristianos y musulmanes,

06 | Edad Media Un castillo y una aldea
En el año 860 en conde Rodrigo, primer conde al que se asocia el nombre de Castilla, repobló Amaya.

Amaya se componía entonces de una aldea amurallada y dividida en varias parroquias, y un castillo en el promontorio. Era, además, sede episcopal.

La aldea pervivió hasta el siglo XIV, cuando se despuebla y comienzan a surgir en el llano las aldeas que son el origen de los pueblos actuales.