En un promontorio rocoso junto al Monasterio de San Pedro de Arlanza se encuentran las ruinas de la ermita de San Pelayo, uno de los lugares más emblemáticos de la historia de Castilla y que guarda la memoria, mitad histórica mitad legendaria, del conde Fernán González. El Poema de Fernán González sitúa aquí la leyenda en la que el conde, persiguiendo un jabalí blanco, encontró una cueva santa donde habitaban los eremitas Pelayo, Silvano y Arsenio. Pelayo profetizó al conde castellano su victoria sobre las huestes cordobesas.
La cabecera posee los elementos más primitivos de la iglesia, los auténticamente prerrománicos, posiblemente del fines del siglo IX o inicios del siglo X
Lamentablemente, el estado actual del monumento es de completo abandono. No existe cubierta y el interior está cubierto de maleza y escombros.