Manzanedillo es una pequeña y hoy repoblada localidad del municipio burgalés de Valle de Manzanedo, situado en el norte de la provincia, a escasos metros del río Ebro, junto a un curioso puente tradicional, en la comarca de Las Merindades.
Aparece su nombre mencionado en un escrito del Cartulario de Santa María de Rioseco, en una donación a la abadía de Quintanajuar de Rioseco “el Viejo”
Su nombre es diminutivo de su pueblo hermano Manzanedo, lugar de manzanos, y emplazado al otro lado del Ebro, capital del valle con el mismo nombre.
Pertenecía únicamente al rey, al que pagaban tributos, es decir, era lugar de realengo.
Los orígenes de Manzanedillo se documentan en la Edad Media a través de la torre defensiva que aún se levanta a la entrada del pueblo, en zona vigilante sobre el puente que atraviesa el Ebro. La torre de Manzanedillo se levantó como torre de defensa, pasó por estado de ruina y hoy presenta una cuidada restauración. Tiene una planta cuadrada con tres alturas. En una de sus fachadas conserva dos arcos góticos que hacían la función de ventana y otro vano con forma de puerta apuntada. En otra de sus fachadas se muestra una ventana renacentista.
Manzanedillo desde su fundación ha sufrido ligeras modificaciones en su casco urbano, que ha tendido a reducirse y cerrarse sobre si mismo, dejando a la antigua iglesia parroquial en algún momento de su historia, fuera del pueblo.
La arruinada iglesia de San Miguel se remonta a la época románica, siglo XII, de la cual quedan apenas algunas formas y restos entre sus maltratadas piedras. Actualmente un edificio destartalado, en ruina total y abandonada por el hombre.