A partir de este momento
Medina de Pomar ve arribar un gran número de mercaderes y artesanos de origen principalmente judío y franco. Hasta el siglo XVI fue la cabeza de las Merindades, pero Felipe II hizo trasladar tal privilegio a la vecina villa de Villarcayo. Medina de Pomar se sitúa al norte de
Burgos y en una situación central y meridional de la histórica comarca de las Merindades de Burgos, siendo por tanto, junto a Villarcayo una de los centros logísticos que permiten hacer multitud de rutas por la zona norte de esta provincia castellana repleta de alicientes paisajísticos y monumentales.